Основную массу врагов составляют Foot-солдаты. Они нападают группами по три, их «специализация» определяется цветом: фиолетовые просто бьют, бирюзовые мечут кинжалы, красные — сюрикэны, жёлтые — бумеранги, оранжевые швыряют песок в глаза, белые носят мечи, серые — кнуты, тёмно-зелёные — гири или бочки, голубые — электропровода, розовые — копья, синие носят огромные ядра или катаются на них, и т. д. Убить солдата можно двумя обычными ударами или ударами в прыжке, либо одним броском или супер-ударом.

Также в игре присутствуют каменные воины, вооружённые либо рельсом, либо чем-нибудь огнестрельным, и разнообразные прыгающие/летающие механизмы, среди которых чаще всего встречаются маузеры — кусачие роботы-цыплята. Помимо этого, встречаются различные препятствия, от открытых канализационных люков до лазерных охранных систем.

В зависимости от того, каким типом удара убить врага, начисляется определенное количество очков. Наибольшее количество очков начисляется за убийство обычным ударом, наименьшее - за убийство супер-ударом. Например, если сразить Foot-солдата обычным ударом - игроку начисляется 600 очков, броском или ударом в прыжке - 400 очков, супер-ударом - 200 очков. Можно также убить Foot-солдата, кинув на него ударом "бросок" другого Foot-солдата, за что начисляется 800 очков.

Боссы

• Рокстеди, носорог-мутант, выныривает из воды в конце первого уровня. Он стреляет из автомата, время от времени перебегая через экран, при этом отбрасывая игрока в сторону .
• Летательные аппараты, пилотируются солдатами Foot. Парят над морем, пытаясь сшибить игрока с серфборда и расстрелять из пулемётов. Мини-босс, музыкальная тема уровня не сменяется.
• Граундчак, бык-мутант, сначала бегает из стороны в сторону, стараясь боднуть игрока, затем отламывает кусок трубы и использует его как бейсбольную биту.
• Слэш, злая черепашка, выпрыгивает из джипа Бибопа. Он атакует с использованием ножа либо, крутясь на спине, быстро катается по экрану.
• Бибоп, кабан-мутант, ждет игрока у своей машины в конце моста. К его голове прикреплён цепью массивный шар, которым он наносит удары. При игре Леонардо Бибопа можно победить абсолютно безопасно: если встать вплотную к капоту машины чуть выше Бибопа, она будет мешать ему подняться на уровень игрока. Его пинки и шар не будут задевать черепашек, в то время как супер-удар Леонардо легко победит его. В отличие от других боссов, которых можно зажать в углу (Рокстеди, Грязнуля), в сражении с Бибопом между супер-ударами Леонардо можно делать паузы, не рискуя быть убитым.
• Диртбаг, крот-мутант, приезжает на станцию метро в вагонетке. Он может стрелять из налобного фонаря кольцами света и бьёт киркой. Леонардо может загнать его в угол и добить постоянным использованием супер-удара. Так же если играя за Донателло, можно его так же зажать в угол и бить постоянно шестом, босс будет наносить удары, но не сможет достать вас.
• Крысолов-матка — очень большой крысолов, пилотируемый роботом, прыгает из стороны в сторону, стреляет огненными шарами и постоянно порождает обычных крысоловов.
• Кожеголовый, крокодил-мутант, имеет три сложных для отражения атаки: выстрел из дробовика, удар хвостом с разворота и рывок вперёд с последующим захватом за горло и удушением.
• Раззар, зубр-мутант, дерётся когтями и замораживающим дыханием. Если вы играете Рафаэлем, перед тем как босс наносит удары когтями (быстро разгоняется на месте) используете турбо-удар.
• Шреддер вооружён мечом, которым он, кроме рубящих ударов, может поддеть черепашку и швырнуть через всю комнату в стену. Кроме того, может избегать удара серией из двух огромных прыжков, завершающихся ударом ногой. Будучи побеждённым, он падает на пол, но, пока черепашки освобождают Эйприл, встаёт и убегает. Шреддер имеет свою музыкальную тему.
• Токка, грифовая черепаха-мутант, носит в руке маленький щит, которым блокирует удары с воздуха. Бьёт в основном свободной рукой, иногда удар отшвыривает черепашку прямо на неоновую рекламу, которая бьётся током. Иногда он прыгает на черепашку и пытается откусить ей голову.
• Крэнг сначала либо выстреливает руку-ракету (если игровой персонаж на близком расстоянии), либо выбрасывает из груди серию гранат (если игрок далеко). Затем он разделяется пополам. Наибольшую опасность представляют его ноги, которые, лягаясь, скачут взад-впёред по коридору, в то время как его верхняя половина парит в воздухе, ведя огонь из лазера и периодически пытаясь пристукнуть черепашек отращиваемым вместо руки молотом. Затем он снова соединяется и атакует как прежде, но у него появляется способность ударить игрока электроразрядом. Крэнг имеет свою музыкальную тему.
• Шреддер применил на себе мутаген и мутировал в Супер-Шреддера, получив прибавку в росте, мускулистую фигуру, высокий уровень здоровья и суперспособности. Он может случайным образом телепортироваться по арене и помимо ударов рукой или ногой имеет две супер-атаки: самонаводящиеся молнии или огненный шар, который временно де-мутирует ниндзя-черепашку в обычную и отбирает большое количество хитов. Супер-Шреддер имеет свою музыкальную тему и является финальным боссом.

Защита от взлома

Konami встроила в игру защиту от пиратства. Она срабатывает, если копирайты и логотипы «KONAMI» изменены или убраны с титульного экрана. В результате на нелегальных картриджах игра запускается в очень сложном режиме, где все враги и боссы становятся сильнее. Шреддер на Технодроме становится бессмертным. При нанесении ему последнего удара, красноватое мерцание фигурки босса, означающее скорую победу над ним, у Шреддера исчезает, и цикл повторяется снова. Игроки, не знающие о данной системе защиты, строили предположения о том, что Шреддера нужно «3 раза добить до красного», но эта информация была опровергнута. Раздобыв "читы" к этой игре,некоторые игроки, тратили по пол часа только на Шреддера, но все таки не смогли его убить. Он краснел и приходил в норму по 5-8 раз (кого на сколько хватало). Он таки убиваем, но лишь на лицензионных картриджах с игрой. Хотя существовали пиратки, на которых Шреддер мерцал дважды, затем проигрывал.

Интересные факты

• При помощи супер-удара Леонардо («мельница») возможно было без риска победить боссов Бибопа и Дертбэга, зажав их в углу.
• При резкой смене уровня, например, на мосту при спрыгивании на проволочный каркас, можно было наполовину скрыть черепашку под нижней границей экрана. При прохождении вдвоём так можно было уберечь игрока со слабым здоровьем от противников. После выхода на общее игровое поле вернуться под эту защиту уже было нельзя.

TMNT games