от уровня сложности).

8. Weapon Training — обучение владению огнестрельным оружием.

9. Dojo Training — тренировочный бой Нео и Морфеуса. После боя Нео должен пройти полосу препятствий быстрее Морфеуса.

10. Déjà Vu: «It’s a Trap!» — сцена борьбы Нео с полицейскими и спецназом.

11. Storming the Drain — изображается, что происходит с командой после того, как они избегают ловушки, устроенной агентами.

12. Lobby Shooting Spree — борьба с солдатами SWAT в холле здания. Первая миссия на спасение Морфеуса.

13. Rooftop Assault: «Dodge This.» — борьба с агентом и солдатами SWAT на крыше небоскрёба. Вторая миссия на спасение Морфеуса.

14. Helicopter Rescue — заключительная миссия на спасение Морфеуса. Стрельба ведётся из вертолета с видом от первого лица.

15. Subway Showdown — бой между Нео и Агентом Смитом в метро.

16. Stuck in the Loop — бой между Нео и спецназом в метро.

17. The Chase: «I Need an Exit!» — бегство Нео от трёх агентов через улицы города.

18. He is the One — бой с тремя агентами. На этом уровне Нео становится Избранным.

19. Red Pill Rescue — иллюстрирует события между окончанием первой «Матрицы» и началом «Матрицы: Перезагрузки».

- The Security Guard — спасение охранника от спецназа во главе с Агентом Уайтом.

- Skull’s Lament — спасение человека, владеющего боевыми искусствами, от агентов Джонса и Брауна .

- The Librarian — спасение библиотекаря от агентов Джонса и Брауна.

- The Healer — спасение лекаря от спецназа и Агента Брауна.

- The Key — события происходят в Клубе Hel, принадлежащему Меровингену.

20. The Captains' Meeting — бой Нео с модернизированными агентами и несколькими солдатами SWAT.

21. Captains Rescue — иллюстрирует спасение капитанов Зиона от агентов.

- Captain Niobe — спасение капитана Ниобе от агентов.

- Captain Ballard — спасение капитана Балларда от агентов.

- Captain Roland — спасение капитана Роланда от спецназа.

- Morpheus and Trinity — спасение Морфеуса и Тринити от спецназа.

22. Sereaph’s Apology — борьба с Серафом в трех различных локациях.

23. The Burly Brawl — борьба с большим количеством клонов Агента Смита.

24. The Frenchman — борьба с подручными Меровингена.

25. Distorted Dimensions — первая локация замка Меровингена, в которой придется сразиться с человекообразными насекомыми.

26. Downside Up — вторая локация, в которой придется сразиться со слугами Меровингена.

27. The Witch — третья локация, в которой придется сразиться с персонажем-боссом Ведьмой (англ. The Witch).

28. Tuned Out — спасение Мастера Ключей от клонов Смита. Первый уровень на пути к Источнику.

29. Ministry of Smiths — спасение Морфеуса от клонов Смита. Второй уровень на пути к Источнику.

30. Taking the Floor — борьба с клонами Смита в библиотеке. Заключительный уровень на пути к Источнику.

31. Mr. Anderson, Welcome Back — битва со Смитом. Первая борьба с подлинным Смитом.

32. Aerial Battle — воздушный бой со Смитом. Последняя борьба с подлинным Смитом.

33. This is My World — битва с Мега-Смитом. Борьба с остальными воплощениями Смита.

34. Zion Archive — дополнительный уровень.

Способности

• Фокус — Замедляет время для проведения ещё более мощных ударов, более быстрого движения, увеличения точности стрельбы и для разглядывания следов пуль. Также необходим для выполнения некоторых особых трюков:
• Уклонение от пуль — Имитирует уклонение от пуль из «Матрицы».
• Остановка пуль — Останавливает летящие по направлению к игроку пули с возможностью отправить их обратно. Используя эту способность, можно также швырять во врагов различные предметы. Доступна для избранного Нео.
• Антигравитационный прыжок — Более высокий прыжок. Доступна для избранного Нео.
• Бег по стенам — Возможность пробежать по стене небольшой промежуток. Нео может бежать как вдоль, так и вверх по стене.
• Уклонение — Возможность исполнять различные акробатические трюки для уклонения от атак противника. Также служит для уклонения от пуль на бегу.
• Стрельба в уклонении — Возможность стрелять в прыжке, уклоняясь от пуль противника (так же, как в Max Payne, но Нео подпрыгивает намного выше).
• Двойной прыжок — Способность сочетать два прыжка в одном для увеличения его высоты и дальности.
• Видение кода — Способность избранного, позволяющая видеть код Матрицы и таким образом замечать врагов даже за стенами и определять уровень их здоровья.
• Полёт — Доступен только при определённых обстоятельствах и в финальных сражениях.