В дополнение к уникальному геймплею разработчики захотели сделать так, чтобы действие игры происходило в реально существующем месте. Первоначально разработчики планировали задействовать в сеттинге игры большое количество локаций по всему миру. Позже сеттинг сузился до нескольких конкретных городов из-за возможностей их практического применения. В конце концов спустя год после начала разработки выбор Кандо пал на Сибую, хотя он и опасался, что иностранные игроки не воспримут такой сеттинг знакомым. Команда хотела убедиться, что город точно представлен в игре, и пошла на фотоохоту по крышам домов без разрешения от властей Сибуи делать фотографии. Схематично Сибуя была дублирована в игре, сохранив все самые значимые объекты реального прототипа, однако по соображениям авторского права все названия магазинов и построек были изменены; например, торговый центр «109» был переименован в «104», а одна из самых известных кофеен сети Starbucks — в «Outback Cafe». Успех игры привёл к тому, что фанаты стали приезжать в Сибую, чтобы сверить реальные места с локациями из игры. Выбор такого места, как Сибуя, привёл к необходимости включения в игру мобильного телефона, наличия специфической одежды и еды. В начале разработки команда задумывала использовать граффити как источник энергии для способностей героев, однако было сложно корректно представить этот аспект; так разработчики пришли к идее пси-значков.

Команда решила сделать в The World Ends with You исключительно двухмерную графику, чтобы игра визуально отличалась от других проектов Square Enix, а также передавала ту атмосферу, которую задумали разработчики. Как только начались работы по созданию арта к игре, директор по фонам Такаюки Одати посчитал, что простой сеттинг современного города будет очень скучным, и предложил для разнообразия использовать искажённые и угловатые изображения зданий; идея была поддержана остальными членами команды. Такие фоны были задействованы и для боя на верхнем экране с целью поддержать у игроков визуальный интерес, а для боя на сенсорном экране были отрисованы реалистичные сцены. Одати также отвечал за арты для пси-значков, и для них он решил создать смесь поп-арта и племенных орнаментов в зависимости от назначения значка. Дизайн персонажей создали Тэцуя Номура и Гэн Кобаяси. Варианты персонажей были подобраны так, чтобы соответствовать сеттингу реального Токио, однако их одежда должна была подчёркивать их характеры. Кобаяси также отвечал и за неигровых персонажей и после завершения разработки отмечал, что большинство его работ дошли до финальной версии игры. Хасэгава был ответственным за дизайн Шумов и хотел добиться того, чтобы игроки узнавали в них прежде всего живых существ. В продолжение затронутой в игре темы человеческих эмоций Хасэгава выбрал для Шумов таких зверей, которые ассоциируются у людей с определёнными чувствами, вроде волков и ворон. Для того, чтобы представить Шумы в игре, потребовалось отрисовать 2D-спрайты с нескольких ракурсов в соответствии с происходящим на экране, для чего нужно было провести ротоскопирование предварительно отрендеренных спрайтов. Это привело к долгим переговорам между Square Enix и Jupiter; разработчики из обеих компаний хотели убедиться, что спрайты вписываются в стилистику игры, поэтому Кандо каждую неделю отправлялся в двухчасовую поездку между Токио и Киото, чтобы лично проверять прогресс.

Разработчики хотели «бросить игрока в водоворот событий, где он должен действовать, не вдаваясь в причины происходящего», одновременно создав у него ощущение срочности и тайны. Они разработали первоначальный проект сюжета и отдали его сценаристам Саси Хирано и Юкаи Исиде на доработку. Обработанная ими версия была ближе к финальной версии сценария. Однако и в этой версии оставались трудности в создании целостной истории, сценаристы добились только плавного развития событий примерно в середине игры, поэтому в сюжет вносились изменения вплоть до создания окончательной версии игры. Некоторые сюжетные нестыковки были выявлены при финальной проверке качества, и все их необходимо было устранить. Команда локализаторов компании Square Enix, переводившая игру на английский и некоторые европейские языки, постаралась сохранить многочисленные элементы японской культуры, упомянутые в игре. Локализаторы также были ограничены в размерах комиксовых выносок, через которые подаются все диалоги в игре, поэтому приняли некоторые меры для того, чтобы не допустить сокращения сюжетной части диалогов.