Герой игры после прибытия в кроновское прошлое примыкает к повстанцам в надежде с их помощью добраться до Крона. После краткого объяснения кнопок управления игры и представления командира Кука, который отныне будет давать герою задания через рацию, на позиции повстанцев происходит нападение, и герой отчаяно отбивается от превосходящих сил противника. В тот момент когда, казалось бы, все потеряно, встроеный компьютер пытается произвести повторный, более точный прыжок в прошлое, но и он не успешен, так как устройство временного привода повреждено и выходит из строя во время прыжка. Герой перемещается всего на несколько дней назад, неподалеку от первичного места прыжка, и теперь ему придется отыскать Крона не только чтобы его наказать, но и чтобы заполучить его временной привод, который потом поможет ему вернуться в свое время. Герою удается вновь вступить в контакт с повстанцами. Помогая повстанческому движению, герой демонстрирует им свои возможности по контролю над временем, проникает в главную серверную комнату Магистрата и копирует всю информацию Магистрата, которую только может найти в сети. Лидеры повстанцев удивлены возможностями героя, и многие члены повстанческого движения открыто заявляют, что технологии мира 1939-го все вместе даже не сравнятся с одним лишь процессором Бета-костюма, и из-за этого повстанцы боятся героя. Теперь, имея все планы, карты и информацию Магистрата, повстанцы атакуют различные секретные объекты Магистрата. Герой присутствует на одной из главных атак и единолично, с логистической помощью от Кука, освобождает плененных повстанцев, уничтожает фабрику по производству оружия, брони, танков, летательных аппаратов и хроно-солдат, перегружает центральный реактор и приводит к разрушению обширного горного комплекса Магистрата.

После серий удачных атак повстанцев Магистрат сломлен, и оставшиеся силы отступают в «район Альфа». Чтобы побыстрее попасть в район Альфа, герой вместе с повстанцами угоняют дирижабль. По дороге в район Альфа у дирижабля кончается горючее, и герой вместе с членами экипажа докуются с ещё одной горной базой Магистрата, крадут горючее, после чего успешно прилетают в район Альфа.

Между уровнями игры и иногда посреди уровня компьютер костюма стимулирует нервную сеть героя, после чего тот видит воспоминания. Через эти воспоминания становится ясно, что герой был заслан в группу разработки костюмов (скорее всего министерством обороны), чтобы наблюдать за проектом и, в частности, Кроном. Герой уговаривает личную помощницу Крона сообщать ему обо всем, он так же вступает с ней в сексуальный контакт и, скорее всего, имеет личный мотив против Крона, так как он убил эту женщину бомбой в лаборатории. Также становится ясно, что Крон уже совершал прыжок во времени по собственному желанию в Альфа-костюме и скрывал это ото всех, что он врал агентству заказавшему проект путешествия во времени, но о его прыжке и лжи узнали и начали подозревать в плохих намерениях, поэтому и послали героя наблюдать за проектом. Герою стало известно, что Крон помышлял о путешествии в прошлое и его изменении, и что Крон пытался подготовить более совершенный Бета-костюм для себя путём удаления ограничителей путешествия во времени, ограничителей парадоксов и т. п., после чего герой принял решение убить Крона при попытке следующего прыжка. Но Крону стало известно об истинной натуре героя и он принял решение совершить прыжок на устарелом, но неограниченном Альфа-костюме, предварительно помешав герою преследовать его путём закладывания бомбы и саботажа Бета-костюма.