К третьему октября в России вспыхивает гражданская война — центристы в правительстве и военные создали союз против ультранационалистов. Тем временем «Призраки» атакуют авиабазу под Архангельском и уничтожают находящиеся там истребитель Су-37 «Беркут» («Беркут» — это С-37 или Су-47) и вертолет Ка-50 Хокум, причем командование разрешает прямое нападение на неё вместо тайной диверсионной операции.

К третьему ноября 2008 года по просьбе премьер-министра Карпина в гражданскую войну вмешиваются американские войска, начав наступление на Москву. Остатки верных националистам частей спецназа предприняли попытку остановить американские войск на горном перевале у города Торопец (в игре Торопек), однако «Призракам» удается прорвать оборону и выйти на подступы к Москве. В ходе боёв к северу от Москвы ультранационалисты применили против войск центристов и американцев ядерное оружие, но это ничего не изменило. В их распоряжении осталась незначительная часть армии, занявшая оборону в историческом центре Москвы. 10 ноября «Призракам» удалось пробиться через кварталы к Красной площади, где состоялся последний бой этой войны. Остатки войск ультранационалистов сдаются, а победившие американцы отправляются домой.

Техника

• Стрелковое оружие

США и НАТО:

штурмовая винтовка: M16 (есть вариант с подствольным гранатометом M203); OICW/GL; L-85, карабин M4A1; пулемёт: M249, MG3; пистолет-пулемёт MP5 (есть вариант с глушителем); снайперская винтовка: M82A1, M-40 (в игре М-24); пистолет: Beretta 92F(есть вариант с глушителем), M1911; гранатомет AT4 (который, в отличие от реального многоразовый).

Россия/«Грузинские повстанцы»

АКМ; АК-74 (есть вариант с подствольным гранатометом ГП-25); АКС-74У; РПК-74; СВД; РПГ-29, Пистолет M1911

• Бронетехника:
• Танки и прочая техника являются самостоятельными юнитами и не нуждаются в экипаже. Ей невозможно управлять игроку. Каждый танк или БМП вооружён пулеметом с бесконечным боекомплектом (перерывы в стрельбе обеспечиваются перегревом). Выстрелы из пушки задаются в определённых точках при создании миссии. Для уничтожения любой единицы бронетехники нужно одно попадание из орудия либо противотанкового гранатомета.

США:

БМП M2 Брэдли, танк M1A1 Abrams.

Россия:

БМП-2, Т-72 (Т-72/Т-72А, так как не оборудован динамической бронёй), ЗРК 9К35 «Стрела-10» (SA-13) Т-80 (танк имеет корпус от Т-80БВ и башню от Т-80УМ), грузовик М-35 (американский).

Desert Siege

26 марта 2002 года вышло дополнение Tom Clancy’s Ghost Recon: Desert Siege, использующее ресурсы оригинальной игры, но добавляющее новую кампанию — миссии, карты, оружие и т. д.

Сюжет

2009 год. Прошлогодние события в России привели к геополитической нестабильности, вылившейся в множество конфликтов по всему миру. Крупнейшим из них стала война Эфиопии с Эритреей — в Эфиопии власть захватил полковник Тейсфайе Вольд, решивший вернуть Эфиопии выход к морю и задушить молодую Эритрейскую демократию. Естественно США не могут этого допустить, поэтому в Эритрею направлен миротворческий контингент во главе с группой «Призраки».

• Миссия № 1 «Горящий песок» Самхар Арайя, Эритрея, 16.05.2009

«Призраки» скрытно высаживаются на побережье с целью обеспечить высадку основного десанта. Зачистить два лагеря эфиопов, подавить пулемётное гнездо и захватить радиостанцию.

• • Противник: эфиопские солдаты и ополченцы

• Миссия № 2 «Огненный факел» Массауа, Эритрея, 23.05.2009

Эфиопские части при отступлении собрались взорвать «перерабатывающий комплекс» возле Массауа. Уничтожить саперов, спасти инженеров завода, захваченных в заложники, по возможности зачистить район действия.