Сэм направляется в White Box Laboratories, где становится свидетелем как начальник охраны и оперативники «Черной Стрелы» ликвидируют весь персонал лаборатории. Сэм спасает одного из ученых и узнает, что «Черную Стрелу» для охраны нанял некий Люциус Гельярд, и глава охраны Робертсон владеет экспериментальными данными по исследованию контрмер ЭМИ. Фишер проникает в кабинет Робертсона и создает возможность для Грим скачать необходимую информацию для анализа. После этого он инициирует ЭМИ, чтобы уничтожить следы информационного проникновения и сохраняет прикрытие Грим.

Сэм получает приказ от Президента Кэлдуэлл найти и записать разговор между Ридом и Гельярдом рядом с Мемориалом Линкольна. Позже Сэм пытается допросить Гельярда, но его убивает неизвестный вооруженный человек. Фишеру удаётся лишь выяснить об интерсах некой организации «Мегиддо», и что Рид собирается «поиграть в спецназовца», устроив некую диверсию. Сэм гонится за стрелком, но убийца погибает от взрыва бомбы, заложенной в его же автомобиле. После этого оперативники Третьего Эшелона пытаются уничтожить Сэма, но он выживает, и Секретная Служба его эвакуирует.

Главный герой проникает в штаб-квартиру Третьего Эшелона, чтобы извлечь данные с компьютера Рида, но он случайно сталкивается с Андреем Кобиным. Сэм допрашивает его и узнает, что Рид работает на секретную организацию «Мегиддо» и планирует незаконно завести технологию ЭМИ в США для использования в ликвидации президента Кэлдуэлл, и назначить коррумпированного вице-президента вместо него, который также «в доле» с организацией «Мегиддо». В результате предполагаемой ликвидации Риду должны достаться высокий пост и медаль героя. Кобин позже говорит, что ему ничего не известно об убийстве дочери Фишера — он всего лишь достал чужое тело, для того чтобы инсценировать ее смерть, и что Грим известно больше об истории со смертью Сары.

Сэм застает Гримсдоттир с только что полученной информацией и заставляет ее дать прослушать последнюю аудиозапись Ламберта. В записи говорится, что Ламберт инсценировал автомобильную катастрофу со смертью Сары, беспокоясь о том, что в Третьем Эшелоне засел «крот», и этот крот может использовать Сару против Фишера. Запись заканчивается тем, что ему так и не удалось засечь предателя, и все усилия потрачены напрасно.

Грим позже сообщает разъяренному Сэму, что один из трех взрывов с использованием ЭМИ может произойти на Мичиган Авеню, и что квартира Сары находится в радиусе поражения. Его друг Виктор спасает Сару, в то время как Сэм останавливает взрыв. Грим следит за Ридом в Белом Доме, чтобы помешать убийству президента. Виктор эвакуирует Сэма и он воссоединяется с дочерью. В это время происходят два оставшихся импульса, уничтожив половину структур в Вашингтоне, а вертолет в котором летят Сэм, Сара и Виктор сбивает противовоздушная ракета и они совершают аварийную посадку.

После вынужденной посадки Сэм проникает в Белый Дом, по пути сражаясь с оперативниками Третьего Эшелона и «Черной Стрелы». Сэм объединяется с Грим и она намеренно ранит его в плечо, чтобы Сэм в роли заложника смог подобраться к Риду поближе.

В Овальном Кабинете, когда Рид собирается казнить Сэма и Президента, Сэм обезоруживает Рида и вместе с Грим они убивают охранников Третьего Эшелона. Сэм допрашивает Рида, в то время как армейские силы эвакуируют Президента. Становится известно, что Президент Калдуэлл собиралась закрыть Третий Эшелон и «сделать Америку уязвимым для будущих атак», и, чтобы предотвратить это, Рид планировал подставить Сэма в убийстве президента, тем самым доказав всем, что «Третий Эшелон» необходим, как никогда. Сэм осознает, что Рид и был тем самым «кротом», которого Ламберт безуспешно искал.