По просьбе Фишера, Ирвинг Ламберт, его начальник, даёт ему задание: стать двойным агентом и внедриться в террористическую сеть под названием Армия Джона Брауна (АДБ). Сэма помещают в Элствортскую тюрьму, где также сидит пойманный член АДБ — Джейми Вашингтон. Сэм, по заданию АНБ, подружился с Джейми, и через полгода они подготовили план побега. Джейми устроил драку в тюрьме, а когда охрана начала разнимать осуждённых, те набросились на них и отобрали оружие, после чего началась перестрелка. А в это время Фишер, сбежавший через сделанную им дыру, проник в центральную охранную башню и стал пробираться наверх. Там они с Джейми захватывают новостной вертолёт и улетают из тюрьмы. После этого Вашингтон решает пригласить Сэма в АДБ и приводит его в штаб-квартиру террористов на окраине Нью-Йорка. Там Фишер знакомится с членами АДБ — Эмилем Дюфраном, лидером группировки, Карсоном Моссом и девушкой, отвечающей за техническую часть, Энрикой Виллабланкой. Также по приказу АНБ, Фишеру необходимо разместить разнообразные жучки по всей штаб-квартире и искать там важную информацию.

Затем Сэма отправят на первое задание АДБ — его десантируют во льды Охотского моря, где он должен в одиночку захватить огромный танкер, застрявший во льдах. После удачного выполнения задания, Сэм с Дюфраном летят на вертолёте в Шанхай на переговоры с пакистанским ядерщиком, где, после посадки, их встречает Мосс. Но Фишера на переговоры не пускают, а АНБ даёт задание подслушать их. В итоге Фишер и АНБ узнаёт, что АДБ готовит теракты с использованием бомбы из красной ртути. И Дюфран хочет проверить первую на роскошном круизном лайнере в Мексике. Фишера привозят в штаб-квартиру в Нью-Йорке, где он с Энрикой обговаривает последние детали, после чего получает задание разместить бомбу на лайнере. В планы АДБ входит взрыв судна, но начальство Фишера даёт задание помешать теракту. В этом случае, Эмиль убьёт Энрику (если доверие упадет до нуля, Эмиль убьет и Фишера), в противном — погибнет много людей. Каков бы ни был результат испытания бомбы, Эмиль берёт Сэма на новые переговоры с другими террористами — в Киншасу, которая охвачена боями гражданской войны. Фишер подслушивает переговоры, а потом, по заданию Эмиля, отправляется в город, чтобы убить агента ЦРУ Хамсу. Дальше Фишеру предстоит выбор: убить Хамсу, потеряв доверие АНБ, или спасти его, потеряв доверие АДБ. После этого Сэма снова привозят в Нью-Йорк, где к взрыву готовятся две бомбы, с одной из которых уезжает Мосс. Тем временем оказывается, что террористы поймали Ламберта, находившегося рядом с штаб-квартирой. Джейми Вашингтон просит Сэма убить Ламберта, но тот может вместо своего настоящего босса застрелить и Джейми. Дальше Сэм должен остановить Эмиля и его бомбу, по пути он может расквитаться со Стенли Дейтоном — одним из лидеров АДБ. Когда Эмиль и бомба будут обезврежены, Сэм возьмётся за ещё одну бомбу, которую Мосс на своём катере хочет взорвать прямо у Нью-Йорка. Сэм убивает Мосса, обезвреживает бомбу и убегает с корабля.

PlayStation 2, Xbox, Wii, GameCube

Первая миссия, как в ПК-версии, начинается в Исландии. Миссия происходит днём. Фишер и Хамса спускаются по верёвке с горы. Их задача — уничтожить фабрику оружия и допросить начальника базы. Вскоре они разделяются. Дойдя до комнаты переговоров, Сэм видит, как начальник и Эмиль Дюфран (глава АДБ) разговаривают о покупке оружия. Но его уже украл Рахим Кадир (один из компаньонов Эмиля). Эмиль недоволен. Вскоре Фишер находит списки покупателей и собирается идти к начальнику, как Ламберт отзывает его, объяснив тем, что это связано с его дочерью и Фишер подчиняется. Когда Сэм уходит, демонстрируется заставка, как и в ПК-версии, где Ламберт говорит о том, что у Сэма погибла дочь и тот взял на себя самую тяжёлую миссию.