Вторая миссия — Эллсворт, Тюрьма. Начинается она с того, что Сэм проползает в лаз под кроватью и встречается со своим новым другом — Джейми Вашингтоном. Сэм говорит, что одной рации им недостаточно и Сэм идёт красть вторую. После удачной кражи, Джейми ему сообщает, что начался обход. У Сэма есть полторы минуты, чтобы вернуться в камеру. Когда Сэм возвращается, охранник говорит, что пришёл посетитель — Ламберт. Он говорит, что этой ночью два агента «Третьего эшелона» проникнут в тюрьму и устроят побег. Также он говорит, что Бархем, которого ненавидит Джейми, нужен Эшелону как свидетель. У игрока появляется выбор — убить его в драке или оглушить. Независимо от выбора, охранник бросит гранату с усыпляющим газом, ликвидировав обоих. Но если Сэм убивает Бархема, Джим даст ему пистолет от убитого им же охранника. После удачного побега, Фишера принимают в АДБ. В заставке он говорит Уильямсу об их главных участниках: Эмиль — босс, Мосс — начальник охраны, Би Джей Сайкс — программист и Энрика — доктор и техник. И тут ещё одно расхождение (кроме имени программиста) — Коул Егер. Если в ПК-версии он был пилотом украденного вертолёта, то тут он — работник АДБ и, по совместительству, информатор Кадира. В следующей миссии нужно скрытно пройти в охраняемую территорию АДБ, поставить подслушивающие жучки, собрать отпечатки пальцев и сделать выбор — убить Егера, получив уважение АДБ или оставить его Эшелону как свидетеля. В отличие от ПК-версии игры, можно оглушать охрану и тут нет зон, где на персонажа не реагируют.

В следующей миссии предстоит угнать Новоорлеанский денежный поезд. Деньги понадобятся на покупку бомб — «красной ртути». Ламберт играет роль нелегального торговца оружием и контактирует с АДБ, продавая им оружие Эшелона. После удачного угона поезда, Сэма отправляют на Козумель протестировать новенькую бомбу. В начале миссии, с Сэмом связывается Ламберт и говорит, что Уильямс стал не уверен в Фишере и сообщил мексиканской полиции, что на борту бомба. Те, в свою очередь, начали проверку корабля. В отличие от ПК-версии, миссия происходит ночью и Фишер не проводил ночь с Энрикой. Так же, как и в ПК-версии у игрока есть выбор — взорвать бомбу, убив свыше 2-х тысяч человек или запустить в сотовый телефон Энрики вирус, чтобы бомба не активировалась. Но если в ПК-версии Сэм не взорвёт бомбу, Эмиль застрелит Энрику, здесь же главного героя избивают.

Независимо от выбора, Сэма отправляют в Охотское море на корабль контрабандистов. Эмиль хочет украсть его для своих друзей. В отличие от ПК-версии, миссия проходит ночью. Эмиль приказывает Сэму убить контрабандистов, чтобы они не очнулись и не начали стрелять в его людей, когда они прибудут. Ламберт говорит, чтобы Сэм их оглушил (на ПК-версии Ламберту было всё равно). Когда Сэм пробирается на корабль и подходит к комнате капитана, тот говорит, что заложил 4 бомбы в машинном отделении, мотивируя это тем, что это его корабль и он никому не достанется и даёт Сэму 10 минут на их обезвреживание. После обезвреживания первой бомбы, капитан сокращает время до 3 минут. После обезвреживания бомб Сэм ликвидирует остальных людей.

После этого, Сэма отправляют в качестве охранника в Киншасу. Используя жучок, Сэм в самом начале миссии узнаёт, что Эмиль, Рахим и Массуд хотят взорвать три бомбы в трёх городах. Встреча заканчивается на том, что Массуду кто-то звонит и тот покидает встречу. Начинается миссия опять же ночью, в отеле и без оружия (кроме ножа и очков). Эмиль говорит, чтобы Сэм проверил офис Массуда на предмет шпионажа. После проникновения, Сэм находит документы, доказывающие его лояльность. Затем Сэм приходит в комнату Эмиля. Дюфран говорит Фишеру о «крысе» — это Хишам Хамса, и его нужно убить. Но, как и на ПК, у игрока есть выбор. Если убить Хишама, то к Фишеру повысится уважение АДБ, в противном случае Хишам даст шприц, который автоматически применяется, когда у Сэма остаётся мало здоровья. После выбора, Сэм зачищает территорию и его забирают. В отличие от ПК-версии, Сэм на этой миссии практически не покидает отель.