Египет

Лара прибывает в Египет и почти сразу же ей приходится сразиться с существами, напоминающими кошачих мумий. Посреди площади, где Лара дралась с мумиями, стоит обелиск с четырьмя местами для ключей. Лара отправляется на поиски ключей. Долго бродив по песчаным помещениям, Лара находит огромные ворота и четыре цилиндрических обелиска. Отодвигая ящики в стенах, и с помощью подсказок в маленьких помещениях, Лара открывает ворота и попадает в помещение, посреди которого стоит гигантский обелиск, а на каждой его стороне, в нише, лежат ключи. К одному ключу путь Лара находит быстро: рядом есть рубильник. К другим Лара пробирается через множество ловушек и толпы мумий. Собрав ключи, Лара возвращается на площадь и открывает с их помощью дверь в Святилище Наследия. Святилище — это полностью затопленное помещение со статуями Гора и Анубис в нём. Пробравшись в зал Наследия Лара разбирается с мумиями и кентаврами, и с помощью первых двух частей Наследия открывает вход к третьей. В момент, когда Лара взяла третью часть Наследия, началось обрушение потолка, но в противоположной стене открылась тайная дверь, и Лара выбежала через неё на улицу, но не на ту, где она оказалась в начале локации (вероятно, храм был сделан в горе, и Лара просто выскочила с другой стороны). Соединив все три части, у Лары опять случается видение: она снова видит Куалопека и Тихокана на пирамиде, а их сестрой оказывается… Натла. Именно она уничтожила Атлантиду, когда захотела завладеть всем Наследием. Она тяжело ранила Куалопека, за что Тихокан запер её навеки в глыбе льда. Со словами «… а я восстану из пепла ваших костей, чтобы завершить начатое!» она была заключена в темницу. Когда Лара пришла в себя, она обнаружила, что Натла нашла её и забрала Наследие. Она приказала убить Лару, но та смогла сбежать, и спрятаться на яхте Натлы.

Атлантида

Прибыв на остров посреди океана, Лара без оружия пытается найти Натлу. Она находится в раскопках, где находит своё оружие, но к несчастью убивает Ларсона, так как тот не пускал её к Натле. Добравшись до входа в Великую Пирамиду, на Лару нападают подручные Натлы. В поединке с Ларой один подручный убивает другого. Лара входит в пирамиду и там её ждут монстры, населяющие Атлантиду. Позже Лара встречается с Натлой, та, уже в царском наряде, агитирует Лару встать на её сторону, но Лара отказывается и выстрелом разбивает Наследие. В гневе Натла кидается на Лару и они обе падают вниз, в лаву. Лара успевает крюком зацепиться за платформу, а Натла с диким воплем падает в раскалённую лаву. Далее Лара побеждает на той платформе гигантского монстра, потом она находит Натлу и после сражения обрушивает на неё колонну. Лара садится на яхту Натлы и отплывает от горящего острова.

Персонажи

• Ла́ра Кро́фт. Первый раз её можно увидеть во вступительном ролике — Лара находится в холле отеля «Империал», что в Калькутте. Здесь (и далее по игре) Лара ещё очень молода — на вид (и по голосу) она не старше 20—25 лет. Стоит заметить, что модели Лары в cgi-роликах и в игре довольно сильно различаются.
• Жакли́н На́тла. Одна из «троицы» правителей Атлантиды. В древние времена, воспользовавшись силой Сциона, Натла создаёт армию кровожадных мутантов, призванных, по её разумению, заменить «устаревшую» расу людей. За это преступление Тихокан и Куалопек (см. далее) лишили её части талисмана и приговорили к заточению в «ледяной тюрьме» — своего рода складывающемся диске. В XX веке, благодаря ядерным испытаниям в Лос-Аламосе, диск-тюрьма сломался, а Натла смогла освободиться. История Натлы между «разморозкой» и тем моментом, когда она стала президентом собственной корпорации Natla Technologies, неизвестна. Предположительно Жаклин Натла была убита Ларой внутри Великой пирамиды на территории погребённой под водой Атлантиды (хотя в игре она оживает если Лара расстреливает её).
• Ла́рсон. Наёмник и посредник Натлы. По манере разговора нетрудно догадаться о крайне низком интеллекте Ларсона, но его цель — не уговаривать Лару, а силой отнять то, что ему нужно. Предположительно был убит Ларой в Атлантиде. Ларсон также появляется в одной из более поздних игр серии — «Tomb Raider: Chronicles», содержащей нарезки из определённых моментов прошлых приключений Лары.
• Пьер. Самый загадочный персонаж. В игре не упоминается, что Пьер работает на Натлу, но тем не менее он знаком с Ларсоном. Можно предположить, что Пьер — такой же независимый искатель приключений, как и Лара. Был убит Ларой в гробнице Тихокана в Греции.
• Квалопе́к и Тихо́кан. Правители Атлантиды, приговорившие Натлу к заключению в ледяной тюрьме. Лица Квалопека и Тихокана скрыты под роботизированными масками.