Дипломатия совершается без помощи специальных персонажей-дипломатов и является несколько более развитой, чем в предыдущих частях. Например, чтобы заключить союз с другим кланом, даймё этого клана может потребовать сына даймё игрока как залог верности. Это можно делать только если сын ещё несовершеннолетний. Если игрок не разорвал союз за два года (восемь ходов), то сын возвращается в целости и сохранности. Также можно выдавать дочь даймё замуж для улучшения отношений между кланами или требовать дочь даймё другого клана. Однако, после завоевания игроком 15 провинций и статуса «легендарный» дипломатия, как таковая, в игре отключается: все нейтральные кланы и сёгунат Асикага объявляют игроку войну, а оставшиеся союзные и вассальные вступают в неё через несколько ходов. Игрок оказывается в полной дипломатической изоляции. Попытка заключить мир и/или союз будет успешной если дать большой выкуп, но ценность этого мероприятия сомнительна, так как на следующий ход этот клан снова объявит вам войну.

Как и в «Empire» и «Napoleon», на карте присутствуют места, позволяющие торговым кораблям устанавливать торговлю с другими народами, не присутствующими в игре: деревни айнов (железо), племена чжурчжэни (лошади), королевство Корея (хлопок), Китайская империя (шёлк), вьетнамские воеводы (благовония) и индонезийские султанаты (благовония). Кроме войск, игрок также может нанимать монахов/миссионеров, ниндзя и мацукэ для выполнения различных заданий. Монахи (синто-буддизм) либо миссионеры (христианство) занимаются пропагандой и могут отрицательно повлиять на вражескую армию либо провинцию; они также могут обратить вражеского персонажа (не генерала) на свою сторону. Ниндзя занимаются саботажем и убийством персонажей. Мацукэ являются шпионами, но также могут и арестовывать других персонажей. По мере исполнения своих обязанностей (даже если не всегда успешно), персонажи получают опыт и повышаются по уровню, что позволяет игроку выбрать новые качества для них.

Система генералов также является более развитой. Чтобы убедиться в лояльности генерала, его можно назначить на высокий административный пост (что, однако, не мешает ему воевать) либо принять в семью (это может дойти до абсурда, когда приёмный сын годится в отцы своему отцу). Генералы теперь получают опыт во время боя. Получив достаточно опыта, становится возможным дать им определённые качества из ветви развития и нанять помощников. В предыдущих частях, всё это осуществлялось автоматически. В отличие от предыдущих частей, генералов в «Shogun 2» нельзя нанять или повысить. Они сами предлагают свои услуги даймё время от времени.

Максимальный уровень для персонажей и генералов — 6.

Игрок также занимается изучением/мастерством различных искусств, которые являются аналогами новых технологий в «Empire» и «Napoleon», с той лишь разницей, что клан может изучать не более одного искусства одновременно. На скорость изучения влияют количество провинций, размеры замков, качества генералов, а также множество случайных событий. Существует две ветви искусств: военная (бусидо) и мирная (ки). В отличие от технологий предыдущих частей, мастерство искусств не требует присутствия определённых зданий.

Чтобы стать сёгуном, клану необходимо захватить и удержать Киото, а также необходимое количество провинций.

Кланы

В начале кампании игроку даётся выбор из девяти (десяти в Limited Edition версии) кланов, каждый из которых имеет определённые преимущества и недостатки. Остальные провинции принадлежат прочим кланам, которые ведут такую же деятельность по захвату Японии.