На ранних этапах разработки игры Ясуми Мацуно увидел фотографии, сделанные одним из его коллег во время туристической поездки во Францию, в частности, в местечке Сент-Эмильон близ Бордо, известном своими виноградниками. В сентябре 1998 года группа из пяти разработчиков, включая самого Мацуно и главных художников и дизайнеров студии, сама посетила Сент-Эмильон, чтобы перенести в игру впечатления от увиденного. Сент-Эмильон послужил прообразом для Леа-Монда, тогда как поместье герцога Бардорбы было смоделировано по образу и подобию одного из парижских зданий.

Vagrant Story разрабатывалась во времена, когда большинство игр перешло на трехмерную графику. Популярность сложных полигональных моделей, перемещаемых в реальном времени, привела к решению сделать такой же и графику Vagrant Story. По словам главного программиста игры Таку Мураты, Vagrant Story была для него первым проектом, полностью основанным на трехмерной графике. Такой подход позволил эффективно организовать движение камеры, передавать эмоции персонажей мимически — с помощью манипуляции глазами и ртом модели персонажа. Перед программистами была поставлена задача сохранить частоту кадров в игре на уровне не менее 30 кадров в секунду. При этом на каждой карте могло присутствовать до 3000 полигонов, и модель каждого отдельного персонажа могла состоять из 300 полигонов максимум. Изначально трехмерные модели в игре были ещё более сложными, но из-за аппаратных ограничений PlayStation во многих моделях в процессе разработки пришлось радикально сократить количество полигонов. Этот шаг сделал модели менее выразительными, но облегчил работу консоли. Как отмечал арт-директор игр Минагава, детально разрабатывались даже модели персонажей, появлявшихся в игре на считанные секунды. Одни и те же модели использовались и в боях, и внутриигровых сценах на движке игры, чтобы создать плавный переход между сюжетными событиями и игровым процессом.

Хотя большинство японских игр того времени выводило текст диалогов в прямоугольных окнах в нижней или верхней части экрана, из желания сделать игру более привлекательной для западного игрока прямоугольные окна заменили «словесными пузырями», как в западных комиксах. Вступительная заставка в начале игры, в отличие от выполненных на движке игры внутриигровых сцен, была создана с помощью CGI. Над этим тридцатисекундным видеороликом работала команда, ранее занимавшаяся созданием видеозаставок при разработке Final Fantasy VIII. Создание видеоролика заняло три месяца. Танцовщица, исполняющая в ролике танец живота — жрица Мюлленкамп, которая не появляется в игре, но несколько раз упоминается героями. Мацуно просил создателей видеоролика сделать его похожим на вступительные заставки фильмов о Джеймсе Бонде.

Более чем половина изначально задуманного сценария не была реализована в игре из-за ограничений архитектуры консоли и крайне сжатого времени разработки. Изначально в игру предполагалось ввести возможность кооперативного прохождения для двух игроков и соответственно двух персонажей-спутников; если в Vagrant Story играл только один игрок, вторым персонажем должен был управлять искусственный интеллект. Эта задумка была отброшена как слишком сложная для реализации, однако частично она была воплощена в жизнь в более поздней игре Мацуно — Final Fantasy XII. Ясуми Мацуно также упоминал в интервью, что задумывал ввести в игру нескольких управляемых AI спутников, которые присоединились бы к Эшли ближе к середине игры, однако от этой идеи пришлось отказаться из-за нехватки оперативной памяти у PlayStation. Один из набросков к игре, созданных Акихико Ёсидой и демонстрируемых в заключительных титрах игры, показывает Эшли в компании двух Рыцарей Креста — Тигера и Низы, в игре являющихся противниками героя; возможно, эти персонажи были задуманы в качестве напарников.