2006

В январе 2006 года к AKB48 и Team A присоединилась Синода (19). На протяжении 2006 года AKB48 покинули три участницы: Уэмура и две девушки из команды A: Усами и в декабре Ории.

В феврале 2006 года AKB48 выпустила дебютный сингл Сакура но ханабиратати». Сингл попал на 10 место в недельном чарте Oricon, продавшись тиражом 22011 экземпляров, — неожиданный результат для независимого лейбла.

В августе 2006 года AKB48 подписала контракт с мэйджором DefSTAR Records, дочерней компанией Sony Music Entertainment. Их первый сингл на DefSTAR Records, «Aitakatta», поступил в продажу 25 октября 2006 года и поднялся до 12 строчки в недельном Ориконе.

В октябре 2006 года было объявлено о прослушивании в новую команду, Team B, по итогам которого в декабре в группе появились ещё 13 девушек.

В декабре 2006 года произошли первые переводы из команды в команду: Кадзуми Урано, Сихо Ватанабэ и Хирадзима были переведены из Team A в Team B.

2007

31 января 2007 года увидел свет 4-й (2-й на DefSTAR Records) сингл AKB48, Сэйфуку га дзяма о суру», достигнувший 6 места в Ориконе. Клип и провокационный текст песни вызвали большой резонанс в японской прессе, нашедшей в них намёки на эндзё-косай.

Следующий сингл, Кэйбэцу ситэита айдзё», также повествовал о проблемах и чувствах японских школьниц через рассказ о девушке, совершившей самоубийство.

В апреле 2007 года информация о Team B впервые появилась на официальном сайте. В списке Team B было на пять человек меньше, чем аннонсировано ранее, что довело количество участниц в AKB48 с 53 до 48. Таким образом, по состоянию на тот момент название AKB48 впервые отображало реальное количество девушек в группе. Вскоре, в июне, группу покинули Ю Имаи, Хосино и Аяна Такада.

В мае 2007 года футзальная команда «XANADU loves NHC» начала новый сезон с тремя новыми рекрутами: Итано, Юко Осимой и Касай.

В декабре 2007 года состоялось первое выступление AKB48 на 58-ом ежегодном предновогоднем концерте Кохаку ута гассэн на NHK.

2008

Первый студийный альбом AKB48, «Set List: Greatest Songs 2006–2007», появился на свет на Новый год, 1 января.

27 февраля 2008 года AKB48 выпустила 10-й сингл, названный 桜の花びらたち２００８. На момент издания первого сингла «Сакура но ханабиратати» в AKB48 была только команда A. В версии 2008 года участвовали 10 человек из команды A, 6 из команды K и 5 из команды B. Планировалось, что собравшие полный комплект из 44 различных постеров, шедших в комплекте с синглом, будут приглашены на специальное мероприятие, но возникли опасения в нарушении этим конкурсом антимонопольного законодательства, и компания DefSTAR Records предпочла его отменить.

Летом произошёл первый бойфренд-скандал в истории группы. 14 августа 2008 года Кикути (15) была уволена с формулировкой «за неосторожное поведение». Незадолго до этого в Интернете всплыли фотографии из фотобудки, на которых она была в компании мальчика. Позднее Аяка была принята в AKB48 в качестве , и в августе следующего года вернулась в команду B.

В августе 2008 года AKB48 подписала контракт с компанией King Records.

В сентябре 2008 года анонсирован дебют группы No Sleeves в составе Харуны Кодзимы, Такахаси, Минэгиси.

22 октября 2008 года вышел 10-й

• мэйджор-сингл группы, Оогоэ дайямондо, в первую неделю оказавшийся на 3 месте хит-парада Oricon. Это был первый сингл AKB48, попавший в первую тройку.