Широкой публике это всё подавалось как внезапный уход Джонса из группы. При этом говорили, что если бы уход заранее обсуждался, то за Джонсом оставалось право выбора за объявлением о расторжении. 9 июня Джонс анонсировал свой уход из группы и, помимо прочего, заявил:

Впоследствии The Rolling Stones вернулись к своему блюзовому звучанию, к которому всегда тяготел Джонс. Он был заменен на двадцатилетнего гитариста Мика Тэйлора (Mick Taylor) из John Mayall’s Bluesbreakers, который незамедлительно включился в репетиции.

В это время Джонс в основном жил в своём поместье в Котчфорде, строя планы по созданию новой команды. На следующей неделе он встретился в студии Olympic с бывшими товарищами по группе, присутствовавший Билл Уайман отметил, что Брайан был «вдохновлён собственными планами». Кроме того, Джонс встречался с Йеном Стюартом, Алексисом Корнером и продюсерами Митчем Митчеллом (Mitch Mitchell) и Джимми Миллером (Jimmy Miller). В разговоре с Корнером музыкант шутливо предположил возможность своего присоединения к группе Алексиса New Church, но тот уговорил Брайана на создание собственной группы. Разговор с Миллером не был продуктивным, и они договорились встретиться ещё раз позже, в начале июля.

К тому времени музыкант очень сильно изменился как внешне, так и внутренне. На его последних фотографиях, сделанных вскоре после разрыва с группой 23 июня 1969 года школьной подружкой Хэлэн Спитэлл (Helen Spittal), Брайан выглядит оплывшим, с запавшими глазами. Однако люди, которые навещали его, были удивлены состоянием Джонса, в частности Алексис Корнер отметил, что Брайан был «счастлив как никогда» .

Около полуночи 3 июля 1969 года Брайан Джонс был обнаружен на дне бассейна в своем поместье в Хартфилде. Он зашёл в воду на несколько минут, и его подружка Анна Уолин (Anna Wohlin), присутствовавшая в доме при происшествии, убеждена в том, что Джонс был жив, когда они достали его из воды, утверждая, что у музыканта прощупывался пульс. Прибывшие врачи констатировали смерть. В выводе экспертизы значится «смерть по неосторожности», также отмечается, что сердце и печень погибшего были деформированы в результате злоупотребления алкоголем и наркотиками. Возникшая версия самоубийства, что легко предположить, учитывая состояние музыканта в последние дни, была косвенным обвинением против Джаггера и Ричардса, внёсших свой вклад в ухудшение здоровья Джонса.

Анна Уолин в 1999 году заявила, что музыкант был убит строителем, который вместе с компаньоном помогал им реставрировать поместье, Фрэнком Торогудом (Frank Thorogood), в чем последний якобы сознался перед смертью водителю the Rolling Stones Тому Кейлоку (Tom Keylock), но других свидетельств в доказательство этой версии не существует. В своей книге «Убийство Брайана Джонса» («The Murder Of Brian Jones») она ссылается на подозрительное, радостное поведение Фрэнка Торогуда во время инцидента в бассейне (кроме того он был последний, кто видел Джонса живым). Правда, она оговаривается, что не помнит всех подробностей тех событий. Было несколько людей, которые также заявили об убийстве журналистам, но все они были под псевдонимами и ни один из них не согласился дать показания в полиции (одного из них, «Марти», Хотчнер (A.E. Hotchner) в своей книге назвал просто 'съехавшим').

Три недели спустя гибели Джонса на его шофера Джоана Фицсиммонса (Joan Fitzsimmons) совершил нападение некий иностранец, что Уолин также связывает со смертью музыканта.

В своей книге «Кто убил Кристофера Робина?» («who killed Christopher Robin?») писатель Терри Роулингс (Terry Rawlings) под псевдонимами «Джонни и Мо» описал двух строителей, у которых были напряженные отношения с музыкантом в последние дни его жизни.