В мае 1995 года коллектив покидает гитарист Юрий Маценов. В июле прошли съёмки клипа на песню «40 ночей вальса» (режиссёр − Дмитрий Фикс). В сентябре фирма «Триарий» совместно с «Союзом» издаёт на кассетах альбом ремиксов «М. Е. Г. А. П. О. Л. И. С./НЕГОРО». В ноябре в Санкт-Петербурге в БКЗ «Октябрьский» в рамках акции «Музыкальная философия конца XX века» группа даёт сольный концерт.

23 и 24 февраля 1996 года группа даёт акустический концерт в клубе «Утопия», позже, в августе, изданный на диске фирмой «Мороз рекордс». Дмитрий Фикс снимает клип «Пушкин». В июне в Европе вышел в свет сборника «Deus Ex Machina», в которой вошла композиция «Мегаполиса» «1+1» с альбома «Megapolis». Летом проходит запись в Германии на студии Дитера Дирке нового альбома (звукорежиссёр − Бриджит Андерхаузен). В сентябре Дмитрий Фикс снимает очередной клип на песню «Звёздочка». И тогда же творческое объединение «Два крыла» делает видеоряд к композиции «Обольщение». Во время операции на сердце тогдашнего президента России Бориса Ельцина музыканты привлекают внимание своей акцией «Выздоравливайте, Борис Николаевич!» или «36,6». Этот клип был в числе лучших на фестивале «Поколение-97». В конце года выходит альбом «Гроза в деревне» − грустный и лиричный, непохожий на предыдущие творения «Мегаполиса».

С начала 1997 года песни «Звёздочка» и «Баллада о воске и мёде» часто звучат в эфирах радиостанций, клип на композицию «36,6» достигает вершин в хит-параде музыкального телевидения. В апреле Дмитрий Фикс приступает к съёмкам фильма «Маленькая история», посвященного десятилетию ансамбля «Мегаполис». Помимо живых выступлений в фильме использованы редкие архивные материалы, клипы, интервью участников. В июле в рамках акции, посвящённой приближающемуся 850-летию Москвы, записана песня «Москва — город любви», вошедшая в сборник «Песни о Москве». В октябре с концерном «Союз» подписан контракт на издание сборника лучших песен, который выходит в марте 1998 года.

Михаил Габолаев и Олег Нестеров посвящают себя продюсерской деятельности. В числе первых подопечных − группы «Маша и медведи», «Лакмус», позже «Ундервуд». В январе 1998 года в группе появляется новый гитарист Максим Леонов. В конце года «Мегаполис» работает над русской версией композиции Питера Сигера «Где цветы?» («Where Have All the Flowers Gone?»), записывая её в дуэте с Машей Макаровой. Режиссёр Роман Прыгунов и оператор Влад Опельянц позже снимут клип на эту песню.

В марте 1999 года Нестеров, Габолаев и Гедрюс Климкявичус основывают компанию «Снегири-музыка». В сентябре совместно с одним из проектов «Снегирей» — Диджеи «Кругозоры» — ансамбль снимает видео на песню «Всё не кончится старость» (режиссёр — Роман Прыгунов).

В марте 2000 года барабанщиком в коллектив приходит Алексей Кадлубович. Группа всё чаще выступает с акустической программой, а вскоре сознательно отказывается от клубных концертов на широкой публике.

С 1999 года Олег Нестеров неоднократно делал заявления о подготовке к записе нового альбома группы, но запись постоянно откладывалась. Осенью 2003 года в эфире радиостанций зазвучала песня с провокационным текстом «Улыбки любви или ezhik forever» («Ёжик, притаившийся между твоих ног»). После этого вновь наступило затишье. А 28 апреля 2006 года впервые за долгое время музыканты выступили в московском клубе. В числе прочих была исполнена новая песня «Зимняя («Раны на стекле»)» на стихи Александра Бараша. На эту песню в том же 2006 году был снят клип, а в июне 2007 завершилась долгая кропотливая работа студии «Болд Дизайн» над новым мультипликационным клипом на песню «Всемирный Карл-Маркс-Штадт».

Новый альбом «Супертанго», выпускаемый компанией «Союз» при участии «Снегирей» вышел в мае 2010 г. Также были выпущены клипы на песни «Один, одна», «Супертанго» и «Ангел».

В 2012 году группа записала четыре песни дуэтом с Ёлкой. Они вошли в совместный сингл «Звезды, звезды».

Состав

• Олег Нестеров — вокал, гитара
• Михаил Габолаев — бас-гитара
• Дмитрий Павлов — гитара
• Андрей Карасёв — скрипка, клавишные
• Антон Дашкин — ударные

Бывшие участники

• Андрей Белов — бас-гитара (1987—1989)
• Михаил Алесин — ударные (1987—1989)
• Александр Суздалев — клавишные (1987—1991)
• Аркадий Мартыненко — клавишные (1987)
• Игорь Жигунов — перкуссия (1987)
• Юрий Маценов — гитара (1989—1995)
• Виталий Чурилов — гитара (1989)
• Андрей Надольский — ударные (1989—1992)
• Александр Филоненко — ударные (1994—2000)
• Андрей Кифияк — гитара (1994—1998)
• Максим Леонов — гитара (1998—2008)
• Алексей Кадлубович — ударные (2000—2011)

Дискография

• 1985 — Ёлочный базар (pre-«Мегаполис»)
• 1987 — Утро
• 1989 — Бедные люди
• 1990 — Пёстрые ветерочки
• 1992 — Женское сердце
• 1994 — Мегаполис
• 1995 — Негоро
• 1996 — Акустический концерт в «Утопии» (концертный)
• 1996 — Гроза в деревне
• 1998 — The best
• 2003 — Улыбки любви или ёzhik forever (макси-сингл)
• 2003 — Megapolis In Love (сборник)
• 2010 — Супертанго
• 2012 — Звезды, звезды (Елка&Мегаполис EP)