Два новых альбома продавались хуже предыдущих трёх. Хэтфилд позже отметил в документальном фильме Some Kind of Monster, что изначально по планам группы песни из обоих альбомов должны быть лишь среднего качества, и неоднократно шлифовались и перерабатывались, пока не было решено, что они подходят для релиза.

В 1998, Metallica выпустила двойной CD, названный Garage Inc.. Первый диск содержал недавно записанные кавер-версии песен различных групп: Blue Öyster Cult, Thin Lizzy, Mercyful Fate, Black Sabbath и неожиданно для поклонников Nick Cave и Bob Seger. Второй CD собрал вместе ранее выпущенные кавер-версии вышедшие в период с 1984 по 1995 гг. в качестве бонус-треков к различным синглам, включая оригинал The $5.98 E.P.: Garage Days Re-Revisited, который уже стал редкой записью. На этом диске использовались каверы таких исполнителей как: Motörhead, Queen, Diamond Head, The Misfits, Killing Joke, Holocaust, Budgie, Anti-Nowhere League, Blitzkrieg, Sweet Savage. Альбом дебютировал в Billboard 200 под номером два.

7 марта 1999 мэр Сан-Франциско Уилли Браун объявил «Официальным днём Metallica» в городе. Месяцем позже, 21-22 апреля, группа записала два концерта с симфоническим оркестром Сан-Франциско, в то время дирижируемым Майклом Кэйменом, который уже работал с Бобом Роком над «Nothing Else Matters». Кэймен и оркестранты сочинили дополнительный оркестровый материал для нескольких песен группы, и на концерте было сыграно много песен начиная со времён Ride The Lightning. Metallica также представила две новые песни: «Human» и «No Leaf Clover». Звукозапись и видеосъёмка концерта были выпущены в ноябре того же года как альбом S&M. Также Metallica записала видеоклип на песню No Leaf Clover.

Конфликт с «Напстером» (2000)

В 2000 Metallica записывает песню «I Disappear» для фильма «Миссия невыполнима 2». Вскоре Ларс Ульрих обнаружил, что демозапись «I Disappear» свободно распространяется (как и все другие их песни) в сети Интернет благодаря компании Napster. Ларс Ульрих задал вопрос своим фанам: «Почему музыка должна распространяться бесплатно, если были потрачены деньги на то, чтобы её записать и выпустить?». Музыканты затеяли судебную тяжбу с Napster, заодно вчинив иск университетам Южной Калифорнии, Йеля и Индианы за то, что их руководство не воспрепятствовало бесплатному распространению. В 2001 году Metallica и Napster пришли к некоторому соглашению.

Уход Ньюстеда, St. Anger (2001—2005)

В 2001 Ньюстед покинул группу из-за, как он сказал, «физического вреда, который он нанёс себе за годы игры музыки, которую он любит». Однако из последующих интервью с Ньюстедом и оставшимися участниками Metallica стало известно, что желание Ньюстеда выпустить запись своего проекта Echobrain и отправиться с ним в турне и упорное сопротивление этому Хэтфилда стали основными причинами ухода басиста из группы. Также интервью журнала Playboy раскрыло тот факт, что подшучивания над Ньюстедом как над новичком, начавшиеся с момента его прихода в группу, не прекратились со временем. Плюс ко всему, у Ньюстеда никогда не было статуса партнёра в написании песен, который был у Клиффа Бёртона в песнях — «Blackened» из ...And Justice for All, «My Friend Of Misery» из Metallica, «Where The Wild Things Are» из ReLoad). Документальный фильм 2004 года Some Kind of Monster пролил больше света на уход Ньюстеда из Metallica.