В 1994 г. Резнор сказал в интервью, что выбрал для группы название «Nine Inch Nails», потому что оно хорошо звучало и прошло проверку временем (большинство названий спустя какое-то время начинали звучать плохо), а также легко превращалось в аббревиатуру. Долгое отсутствие разъяснений со стороны Трента привело к большому количеству слухов и спекуляций насчёт названия группы, например: девятидюймовые гвозди, которыми был распят Иисус; или девятидюймовые ножи-ногти Фредди Крюгера (nails в пер. с гвозди или ногти). Знаменитый логотип Nine Inch Nails, который состоял из трёх заглавных букв «N», «I» и зеркальным отражением «N» в рамке, был придуман Резнором и дизайнером Гэри Талпасом. Талпас будет делать дизайн для обложек Nine Inch Nails до 1997.

Pretty Hate Machine (1989—1992)

Первый альбом группы, Pretty Hate Machine, записанный и сведенный самим Резнором, был выпущен в 1989 году. Это было первое сотрудничество с продюсером Эдрианом Шервудом (он спродюсировал первый сингл NIN «Down in It» даже не встречаясь с Резнором лично) и Марком Эллисом, более известным как Flood. Flood будет помогать в записи музыки до 1994 года, а Шервуд будет делать ремиксы на композиции NIN до 2000 года. Альбом получает «тёмное» звучание, но музыка с альбома всё-таки была доступна и для рядового слушателя, и после 113 недель в американском чарте Billboard 200 альбом становится первой в истории записью на независимом лейбле, которая получает платиновую сертификацию. MTV вещает клипы на «Down in It» и «Head Like a Hole». Видео на третий сингл с альбома, «Sin», выходит только в 1997-ом на сборнике домашнего видео Closure.

После серии удачных выступлений группы в 1990 и в 1991 годах, NIN завоевывает популярность среди поклонников альтернативного рока, в частности поклонников Питера Мёрфи и The Jesus and Mary Chain (у которых группа играла на разогреве). «Фишкой» группы становится разрушение инструментов и общая агрессия исполнения песен. После неудачного выступления на европейских фестивалях на разогреве у Guns N' Roses, TVT заставляет Трента писать следующий альбом; при этом разгорается конфликт между Трентом и главой лейбла Стивом Готлибом, касающийся, главным образом, звучания альбома. Резнор реагирует на это тем, что в тайне от руководства TVT и под другими именами записывает новый альбом.

Broken (1992—1993)

Вскоре конфликт между Резнором и Готлибом становится причиной ухода Трента с TVT. Он подписывает контракт с Interscope и основывает дочерний лейбл Nothing Records. Это должно было даровать ему больше свободы в процессе создания музыки. То, что должно было стать альбомом, выходит как 8-трековый мини-альбом в 1992 году. Трент заявляет, что судебные разбирательства с TVT помешали ему сделать полноценный релиз. Также, вдохновленный свободой, он обещает полный альбом The Downward Spiral уже к следующему году.

В итоге Nine Inch Nails выпускают Broken, мини-альбом, содержащий 6 песен и 2 бонус-трека. В буклете, прилагаемом к альбому Резнор обозначает тур 1991 года как повлиявший на звучание альбома. Трент характеризует Broken как основанный на гитаре «взрыв уничтожения» и «намного жёстче […] чем Pretty Hate Machine». Песни с Broken заработал NIN 2 премии Грэмми: за исполнение первого сингла «Happiness in Slavery» на фестивале Вудсток ‘94 и за второй сингл «Wish». Резнор позже шутил, что на его могиле должно быть написано «РЕЗНОР: Умер. Сказал ‘Фистинг’, получил Грэмми».

Особого внимания удостоены и клипы на песни с мини-альбома. Питер Кристоферсон из групп Coil и Throbbing Gristle снял видео на песню «Wish», но самое неоднозначное видео сопровождает «Happiness in Slavery». Клип было почти повсеместно запрещён за показ мужчины, которого сыграл Боб Фланаган, получающего удовольствие от машины пыток, в конце убивающей его. Третье видео для «Pinion» частично включено в первый эпизод мтвишного Alternative Nation, и изображает туалет с человеком с кляпом во рту и в бондаже. Резнор и Кристоферсон составили из этих трёх клипов и кадров из «Help Me I Am in Hell» и «Gave Up» полноформатное музыкальное видео, озаглавленное Broken Movie. Оно изображает убийство молодого мужчины, который был похищен и подвергнут пыткам, которые перемежаются с просмотром клипов. Этот фильм так и не был выпущен официально, но вместо это стал популярен в кругах любителей таких вещей.