1986 — «Queen» написала саундтрек к фантастическому фильму «Горец» и положила его в основу своего нового альбома A Kind of Magic. Альбом пользовался огромным успехом. Музыканты организовали «Magic Tour» — серию концертов по всей Европе. Три самых грандиозных концерта в Лондоне, Небуорте и Будапеште собрали 400.000 человек, а концерт в Будапеште стал первым выступлением западной рок-группы в истории Восточной Европы вообще и Венгрии в частности. Сам тур привлёк около миллиона человек по всей Европе. Ничего подобного не знала ни одна рок-группа или рок-певец со времен битломании 60-х годов. Последний концерт тура и группы с Меркьюри прошёл 9 августа 1986 года в Небуорте (графство Хертфордшир) и собрал приблизительно 120.000 — 140.000 человек. «Magic Tour» станет последним концертным туром группы.

С этого года начались слухи о болезни Меркьюри. Он отрицал это, ссылаясь на свой здоровый внешний вид.

The Miracle, Innuendo и Made in Heaven (1989—1995)

1989 — альбом The Miracle отличался от предыдущих работ Queen. У Меркьюри немного изменился голос, он сбрил усы (позже отрастил бороду) и стал одеваться более строго. Вместе с альбомом выходит сразу пять синглов. Выход клипов подогревает слухи о болезни Меркьюри, которые теперь активно опровергаются как музыкантами группы, так и самим Меркьюри. Обложка The Miracle тоже стала поводом для споров, но, скорее всего, именно из-за возможной болезни певца. Титульной песней альбома стала пятиминутная композиция «The Miracle». Изменение голоса, возможно, произошло из-за непосредственного влияния болезни, но доподлинно известно, что в начале 1990 года Меркьюри бросил курить в связи с развивающейся болезнью лёгких.

1990 — не появляется никакой информации о группе, все её члены сообщают, что «всё нормально», однако столь резкая смена стиля жизни и имиджа вызвала закономерное удивление и тревогу фанатов. «Queen» получила музыкальную премию «Brit Awards», и этот выход окажется последним появлением Меркьюри на публике. Он не стал произносить речь, сказав просто: «Thank you, good night» («Спасибо, хорошего вечера»).

1991 — последний год фактического существования «Queen». Незадолго до смерти Меркьюри вышел альбом Innuendo («Косвенный намёк»). Многие считают его одним из наиболее выдающихся произведений «Queen». Альбом открывается песней, которая так и называется — «Innuendo». По своей композиции она напоминает «Bohemian Rhapsody» — всё те же шесть минут вместо стандартных трёх, сочетание различных музыкальных направлений. Этот трек стал ещё одним отходом от принципов: кроме отсутствия синтезаторов на всех альбомах декларировалось, что все треки исполнены исключительно Queen, без привлечения сессионных музыкантов. Фрагмент, обозначенный Spanish Minstrel Guitars, сыгран Стивом Хау, гитаристом Yes. На вторую песню — «I'm Going Slightly Mad» — был снят гротескный чёрно-белый видеоклип с участием пингвинов и актёра, одетого в костюм гориллы (поговаривают, что это был Элтон Джон).

Самой известной песней альбома является «The Show Must Go On», в которой лирический герой задаётся вопросом о смысле существования и выражает надежду на обретение физической и душевной свободы после смерти. В её припеве при дословном переводе говорится:

Шоу должно продолжаться.
Моё сердце раскалывается,
Мой грим осыпается,
Но моя улыбка остаётся.