Lullabies to Paralyze просочился в интернет в феврале 2005 и 3 марта появился в эфире Triple J. Официальный релиз пластинки состоялся в 22 марта 2005 года через лейбл Interscope Records. Альбом дебютировал в Billboard Music Chart под номером 5, что на данный момент является наилучшим достижением группы. Песня «In My Head» с нового альбома попала в саундтрек к игре Need for Speed: Underground 2.

14 мая 2005 Queens Of The Stone Age стали музыкальным гостем на Saturday Night Live, где их первой песней стала «Little Sister». 22 ноября группа выпустила концертник Over the Years and Through the Woods, бонусом к которому были старые видео с 1998 по 2005 год. Осенью 2005 года QotSA выступали с Nine Inch Nails в туре в поддержку нового альбома последних; в первой части тура их сопровождали Autolux, а во второй — Death From Above 1979. 19 и 20 декабря гитарист NIN появлялся на сцене с Queens Of The Stone Age, исполняя песни «Born to Hula», «Regular John», «Avon», «Monsters in the Parasol» и «Long, Slow Goodbye». Другим интересным событием 20 числа стало появление на одной сцене с QotSA Джона Гарсии, бывшего вокалиста Kyuss: подобного не совершалось ещё с 1997 года. Вместе они исполнили песни времён Kyuss: «Thumb», «Hurricane» и «Supa Scoopa and Mighty Scoop».

Era Vulgaris (2006—2008)

В день св. Валентина в 2007 году на официальном сайте группы было объявлено, что новый альбом под названием Era Vulgaris выйдет в июне. Некоторые сайты сообщали, что на записи будет присутствовать много гостей, включая Трэнта Резнора из Nine Inch Nails, Юлиана Касабланкаса из The Strokes, Марка Ланегана, Билли Гибонса из ZZ Top, и покойного юмориста Эрма Бомбека. Предполагалось, что в записи также будет участвовать басист Death From Above 1979, но он на записи так и не появился. Запись Era Vulgaris завершилась в начале апреля 2007 года, а сам альбом вышел 12 июня. Омм описал альбом как «тёмный, тяжёлый, и электрический, типа как строитель». Когда фротнмэна спросили о его вокале на записи, он ответил: «Я хотел попробовать фигню, которая на первый взгляд казалась совершенно неловкой».

Во время тура басист Майкл Шумен (Wires On Fire, Jubilee, Mini Mansions) и клавишник Дин Фертита (Hello=Fire, The Waxwings, The Dead Weather) заменили Аллана Джохеннеса и Натали Шнейдер соответственно. В июле того же года Трой Ван Левен объявил, что группа написала новый материал, «пока что в зачаточном состоянии»; позже Омм предположил, что он будет выпущен как мини-альбом. В интервью с Джошем The Globe and Mail сообщали, что EP «может будет состоять примерно из 10 B-сайдов, записанных во время сессии Era Vulgaris». Позже было сообщено, что мини-альбом не будет выпущен, так как лейбл сейчас не желает его выпускать.

Группа начала свой североамериканский тур под названием «Duluth Tour», так как QotSA собирались посетить многие маленькие города, в которых они не были ранее, в том числе Дулус. Коллектив посетил многие другие места, например Соединённое Корлевство, где на этот раз он отыграл больше концертов чем когда либо. В конце марта — начале апреля группа гастролировала по Австралии, а после этого завершила свой тур в Канаде в 2008.

В связи со смертью Наташи Шнайдер 2 июля 2008 года, официальный сайт Queens Of The Stone Age был обновлён мемориальным сообщением Омма. 16 августа в Лос-Анджелесе был проведён концерт в память о умершей клавишнице. На сцене появились Аллан Джохеннес, Джек Блэк, Кайл Гесс, Мэтт Кэмерон, Броди Даль, Джесси Хьюз, Крис Госс и Пи Джей Харви. Выручка от концерта пошла на покрытие расходов, связанных с болезнью Наташи Шнайдер.