В мае 2009 года Кидис был удостоен премии Stevie Ray Vaughan на пятом ежегодном мероприятии MusiCares за его преданность и поддержку фонда MusiCares MAP и за его приверженность делу оказания помощи другим наркоманам с наркоманией в процессе восстановления. Кидис и различные музыканты отдали дань уважения записью «he Insects», Кидис, Чад Смит, Фли вместе с Роном Вудом, Джошем Клингхоффером и Иваном Невиллом сыграв не много кавер-версий песен.

В октябре 2009 года группа официально завершила перерыв, и вошла в студию без гитариста Фрушанте, чтобы начать писать свой десятый студийный альбом. К группе присоединился Джош Клингхоффер, который на концертах выступал в качестве второго гитариста, позднее было подтверждено, что он стал официальным членом группы и заменил Фрушанте. В декабре 2009 года Фрушанте сделал заявление, что он официально покинул группу в 2008 году. Фрушанте объяснил на своей MySpace странице, что не было никакой драмы или гнева по поводу его ухода из группы с того времени, все члены были очень благосклонны и отнеслись к нему с пониманием. Фрушанте сказал, он почувствовал, что его музыкальные интересы привели его в другом направлении, и что ему нужно, чтобы полностью сосредоточить свои усилия на своей сольной карьере.

Josh Klinghoffer и I’m with You (2010—2012)

Группа с Josh Klinghoffer на гитаре впервые официально выступила 29 января 2010 года, отдавая дань Neil Young с обложки «A Man Needs a Maid» в MusiCares. После нескольких месяцев выступлений, в феврале 2010 года Klinghoffer был официально подтвержден Чадом Смитом, как полная замена Фрушанте.

Группа официально приступила к записи своего десятого студийного альбома с продюсером Риком Рубином, в сентябре 2010 года. По словам Рубина, группа записала достаточно материала, чтобы выпустить второй двойной альбом, после Stadium Arcadium, но в конечном итоге решил не делать этого. Рубин отмечает, что "это было больно, чтобы не разделить все материалы, которые у нас были, но мы чувствовали, что это было бы слишком много. Мы действительно хотели, чтобы это было двенадцать песен, но это закончилось тем, что осталось четырнадцать только потому, что никто не мог согласиться на двенадцать. "Процесс записи продолжался до марта 2011 года. Многие песни были написаны в период между октябрем 2009 года и августе 2010 года. Фли записал около 60-70 песен за десять месяцев перед входом в студию, чтобы записать альбом. Рубин говорил о Klinghoffer и новой музыки, говоря: "Джош фантастичен. Он играл с John Frusciante в течение многих, многих лет, и он гастролировал с Chili Peppers и раньше, так что он был частью большой семьи. В прошлом многие из их песен пришли через запинки, но в этот раз многие из них были продуманы и запланированы благодаря новым знаниям Фли о теории музыки.

I'm with You десятый студийный альбом группы был выпущен в США в августе 2011 года. Альбом возглавил чарты в 18 странах, хоть альбом и не стартовал на первом месте второй раз подряд в США альбом был встречен в основном положительными отзывами от критиков. Первый сингл альбома, «The Adventures of Rain Dance Maggie» был выпущен на месяц раньше, и стал двенадцатым номером в number one hit single, превысив свой ​​собственный рекорд. Kreayshawn попробовала снять музыкальное видео на сингл, однако по неизвестным причинам, снятый клип Kreayshawn стал неизданным и второй вариант видео снял режиссёр Marc Klasfeld. «Monarchy of Roses», «Look Around» и «Did I Let You Know», вышедший только в Бразилии, а затем в качестве сингла в музыкальных клипах. «Brendan’s Death Song» стал следующим синглом и вышел летом 2012 года.