Возвращение Фрушанте, Californication (1998—2001)

После ухода из группы Джон Фрущанте все больше стал увлекаться наркотиками, что привело его к бедности. Фрушанте оборвал все контакты с друзьями, однако Фли всегда оставался на связи и помог устроить Фрушанте на лечение в реабилитационный центр Las Encinas в январе 1998 года. Он вышел оттуда в феврале того года и вернулся в небольшое поместье в Silver Lake. Он нажил себе много травм/проблем за годы своей зависимости, некоторые требовали хирургического вмешательства, включая постоянные шрамы на его руках, реструктуризация носа и новые зубы для предотвращения смертельной инфекции.

После ухода Наварро в 1998 году, Red Hot Chili Peppers были на краю распада. Фли говорил Кидису: «Единственный способ сохранить группу-вернуть Джона обратно». Кидис был сильно удивлен, что Фрушанте когда-либо захочет работать с ним, у обоих были нерешенные личные разногласия, но не смотря на это Фрущанте присоединился к группе в 1998 году. Кидис и Фли считали, что это самое лучшее время для того, чтобы позвать Фрущанте обратно в группу, ведь он избавился от зависимости и болезней. В апреле 1998, когда Фли навестил его и попросил вернуться, Фрущанте зарыдал и сказал «ничто не может сделать меня счастливее». Фли решил созвониться с Энтони и попросить его встретиться с Джоном, чтобы попробовать решить все личные проблемы. Фли вздохнул спокойно, когда узнал, что они больше не имеют ничего плохого против друг друга и оба не могут дождаться, чтобы начать писать музыку вместе. Буквально за неделю, впервые за шесть лет, обновленная четверка одним толчком обновила Red Hot Chili Peppers.

Несмотря на приподнятое настроение группы, Фрущанте был умственно и психологически нестабилен. Фрущанте не играл с того момента, как покинул группу и, не смотря на свои сольные альбомы, не брал гитару в руки в течение нескольких лет. Он потерял свою гитару при пожаре, из которого еле унес ноги, он пережил трудное время возобновления его прежней жизни. Группа начала репетировать в гараже Фли, и Фрущанте быстро восстановил свой талант. Он вернул главный компонент в звучание Chili Peppers, так же, как и здоровую мораль. Он принес с собой глубокую преданность музыке, что оказало влияние на стиль записи альбома. Фрущанте часто подчеркивал, что работа над Californication была его самой любимой. 8 июля 1999, после года работы и тщательных репетиций, Californication вышел, как седьмой альбом группы. Он был продан тиражом в 15 миллионов копий и стал самым успешным альбомом группы на сегодняшний день. Californication включает в себя меньше рэпа, чем его предшественники. Вместо этого последовательные и мелодичные гитарные риффы, вокал и ударные. В альбоме три главных рок хита, «Scar Tissue», «Otherside» и «Californication». Californication получил похвалы у критиков и огромный успех по всему миру. Не смотря на то, что все связывали успех с возвращением Фрущанте, многие отмечали также развитие Кидиса, как вокалиста.

В июле 1999 года, в качестве поддержки нового альбома, группа выступила на Woodstock 1999, что принесло печальную известность насилию, которое оно вызвало. За 10 минут до шоу сестра Джими Хендрикса попросила их сыграть кавер-версию одной из песен её брата. После небольшого сомнения, из-за того, что группа не играла эту песню несколько лет, они решили сыграть «Fire». Этот сет был завершающим третий день фестиваля, небольшой огонь перерос в акт вандализма, который закончился вмешательством полиции. Нарушения переросли в насилие. Ближайшая собственность, включая ATMs и другие трейлеры была разрушена. Кидис сказал: «Ясно, что эта ситуация больше не имеет ничего общего с Woodstock. Он не был символом любви и мира, а жадности и получением денег. Мы проснулись на следующий день, а все газеты и радиостанции обвинили нас в том, что мы виноваты во всем, сыграв „Fire“». После тура в 2001 году вышел первый DVD диск под названием Off the Map.