South of Heaven и Seasons in the Abyss (1988—1993)

Slayer вернулась в студию для записи четвёртого студийного альбома. Новая запись сильно контрастировала с Reign in Blood: на этот раз группа решила снизить темп песен, вокал стал более мелодичным в сравнении с резкими криками с предыдущего альбома. Ханнеман вспоминал:

Вышедший в 1988 году альбом South of Heaven встретил неоднозначные отзывы со стороны критиков и поклонников коллектива. Вместе с тем он стал самым коммерчески успешным альбомом Slayer на то время, дебютировав на 57 позиции чарта Billboard 200 и став вторым «золотым» альбомом группы по сертификации RIAA.

Для записи следующего альбома Slayer в 1989 году наняла сопродюсера Энди Уоллеса. Seasons in the Abyss, выпущенный в октябре 1990 года, был первым альбомом Slayer, изданным на новом лейбле Рика Рубина Def American (из-за разногласий продюсера с владельцем Def Jam Расселом Саймонсом). Пластинка дебютировала на 44 позиции в чарте Billboard 200 и в 1992 году получила сертификацию «золотой». На заглавную композицию был снят (возле пирамид в Гизе) второй клип Slayer. Что касается общей музыкальной направленности альбома, то Ханнеман утверждал, что для него «Seasons — это продолжение South of Heaven». Той же точки зрения придерживался и Керри Кинг, который говорил, что для него Seasons были тем, чем должны были стать South of Heaven.

В 1990 году группа отправилась в турне Clash of the Titans (tour), где вместе с Megadeth выступала уже в качестве одного из главных исполнителей, а не коллектива, «играющего на разогреве». В качестве «разогревающих» команд в европейской части турне выступили Suicidal Tendencies и Testament. Так как американский трэш-метал был на пике своей популярности в это время, тур был продлён в мае 1991 года, и вместе с Megadeth, Anthrax и Alice in Chains Slayer отправилась на гастроли в США.

В 1991 году коллектив выпустил двойной концертный альбом Decade of Aggression, таким образом отметив десятилетие своей карьеры. Пластинка заняла 55 позицию в Billboard 200.

В мае 1992 года барабанщик Дэйв Ломбардо покинул группу из-за конфликтов с другими участниками, а также из-за постоянной усталости, которую стал испытывать от бесконечного чередования студийных сессий и гастрольных туров. Дэйв основал собственную группу Grip Inc. с гитаристом Voodoocult Вальдемаром Сорыхтой (Waldemar Sorychta), который позже сделает себе имя как продюсер альбомов Moonspell, Tiamat и Sentenced. Что касается бывших коллег Ломбардо, то участники Slayer нашли ему замену в лице барабанщика Пола Бостафа, который за день до приглашения на прослушивание к Slayer покинул группу Forbidden. Slayer впервые появилась на сцене вместе с Бостафом в 1992 году на фестивале Monsters of Rock, собравшем в том году вторую по численности аудиторию в своей истории.

Divine Intervention (1994—1995)

В 1994 году Slayer выпустила альбом Divine Intervention, первый альбом группы с новым барабанщиком. Позиции в чартах были рекордными для группы в то время: пластинка дебютировала на 8 позиции в Billboard 200. Это был первый альбом с новым звучанием, в котором можно было увидеть отход Slayer от канонического трэш-метала. Для него были характерны повышение уровня громкости, утрата мелодической линии и сильное влияние панк-рока. При всём том, во время записи группа столкнулась с рядом проблем, которые наложили отпечаток на конечный итог её работы. В процессе выбора материала к альбому музыканты в последний раз совещались с представителями компании, обсуждая, какие песни должны быть представлены на записи. Во время встречи между Арайей и представителем компании возник конфликт, и с того времени в выборе направления звучания и конкретного материала участники Slayer стали полагаться исключительно на себя. Кроме того, в процессе записи Рик Рубин практически не появлялся в студии, что создавало своеобразные трудности. Так Пол Бостаф признавался, что испытывал проблемы с тем, что не получал никаких советов ни от Рубина, которого просто не было рядом, ни от остальных участников, которые хранили молчание, даже если им что-то не нравилось. Помимо того работа музыкантов и персонала студий не была скоординирована на должном уровне, от чего, по мнению Керри Кинга, в итоге пострадала запись.