Во время записи Disintegration группа поставила Смиту ультиматум — либо уходит Толхерст, либо остальные музыканты. В феврале 1989 года уход Толхерста из группы был официально подтверждён в СМИ. Таким образом Роджер О’Доннелл стал полноправным членом The Cure, а Смит остался единственным музыкантом, который был в группе с момента основания. Смит утверждал, что Толхерст перестал прикладывать достаточно усилий и злоупотреблял алкоголем. Поскольку Лоуренс значился в составе группы во время записи Disintegration, то был упомянут в буклете к альбому как человек, игравший на «других инструментах», хотя доподлинно известно, что в создании пластинки он абсолютно никак не участвовал. The Cure также отправились в масштабное турне Prayer Tour, которое прошло с огромным успехом.

В мае 1990 года Роджер О’Доннелл покинул группу, и место клавишника занял Перри Бэмоунт. В ноябре The Cure выпустили сборник ремиксов Mixed Up. Альбом был прохладно встречен публикой и не достиг высоких позиций в чартах. Единственная новая песня «Never Enough» вышла и в виде сингла. В 1991 году The Cure выиграли BRIT Award в номинации «Лучшая британская группа». В том же году Толхерст подал в суд на Смита и Fiction Records, заявляя, что он является совладельцем имени «The Cure» вместе со Смитом. В 1994 году суд принял решение в пользу Смита. В 2000 году старые друзья помирились и Толхерст даже посетил некоторые концерты The Cure. Несмотря на продолжавшиеся судебные разбирательства группа приступила к записи нового альбома. Альбом Wish занял первое место в Великобритании и второе в США. Синглы «High» and «Friday I’m in Love» стали международными хитами. Роберт Кристгау назвал альбом лучшим в карьере группы. The Cure в очередной раз отправились в мировое турне Wish Tour с группой Cranes и выпустили по его результатам два концертных альбома Show (сентябрь 1993) и Paris (октябрь 1993).

В период между выпуском Wish и началом записи следующего альбома в группе вновь произошли изменения состава. Томпсон покинул группу, чтобы участвовать в концертах супергруппы Page and Plant, которая состояла из бывших участников группы Led Zeppelin Джимми Пейджа и Роберта Планта. Борис Уильямс также покинул группу, и на его место пришел Джейсон Купер. Студийная работа над альбомом началась в 1994 году, когда группа состояла лишь из Смита и Бэмоунта. Чуть позже к ним присоединились Гэллап, у которого были проблемы со здоровьем, и Роджер О’Доннелл, которого попросили вернуться в группу в конце года. Wild Mood Swings, выпущенный в 1996 году, был прохладно встречен публикой и положил конец серии коммерчески успешных записей. В начале года The Cure отыграли на нескольких фестивалях в Южной Америке, за которыми последовал мировой тур. В 1997 году в свет вышел второй по счёту после Standing on a Beach, сборник синглов Galore, в который вошли хиты группы в период с 1987 по 1997 год включительно и новый сингл «Wrong Number» с гитаристом Ривзом Гэбрелсом, многолетним сподвижником Дэвида Боуи. В 1998 году The Cure записали песню «More Than This» для саундтрека к фильму «Секретные материалы: Борьба за будущее» и кавер песни «World in My Eyes» группы Depeche Mode для трибьют-альбома For the Masses.

По контракту группа была обязана записать ещё один альбом. После коммерческих неудач Wild Mood Swings и Galore Смит считал, что дело идёт к распаду The Cure, и поэтому хотел сделать более серьёзный, глубокий альбом. Работа над Bloodflowers велась с 1998 года, релиз состоялся в 2000 году. По словам Смита, он стал последней частью импровизированной трилогии, в которой также значились Pornography и Disintegration. Группа также провела девятимесячный Dream Tour, концерты которого в общей сложности посетил один миллион человек. В 2001 году The Cure покинули Fiction и выпустили сборник Greatest Hits и DVD с лучшими клипами. В 2002 году группа была хедлайнером на двенадцати крупных летних фестивалях и отыграла три продолжительных концерта (один в Брюсселе и два в Берлине), на которых были полностью последовательно исполнены альбомы Pornography, Disintegration и Bloodflowers. Два концерта в Берлине стали основой для DVD The Cure: Trilogy, выпущенного в 2003 году.