PopMart Tour идейно продолжил Zoo TV Tour. Турне началось в апреле 1997 года. Декорации включали в себя 30-метровую золотисто-жёлтую арку, 50-метровый экран и 12-метровый зеркальный лимон. И PopMart, и Zoo TV были направлены на внимание тех, кто обвинял U2 в коммерциализации.

U2 были первой широко известной группой, провёдшей концерт в послевоенном Сараево. Боно сказал: «Это [концерт в Сараево] было одной из самых тяжелых и сладких ночей в моей жизни». А Ларри Маллен-мл. охарактеризовал его как «опыт, который я не забуду всю оставшуюся жизнь, и если мне нужно было провести в группе 20 лет только для того, чтобы выступить на этом шоу, то, сделав это, я думаю, что оно того стоило».

PopMart стал вторым по доходности турне 1997 года (после Bridges to Babylon Tour группы Rolling Stones): его сборы составили 170 миллионов долларов, но на его организацию было потрачено более 100 миллионов. На первые выступления, запланированные и организованные ещё до выхода самого альбома, негативно повлияло решение группы сократить время репетиций для завершения запаздывающего Pop.

В мае 1998 года группа выступила в Белфасте перед двухтысячной публикой, за три дня до того, как было принято Североирландское мирное соглашение (Northern Ireland Peace Accord). Позже в этом же году U2 приняли участие в акции по сбору средств пострадавшим от теракта в Оме, где погибло 29 человек и более 200 было ранено. В конце года второстепенная композиция «The Sweetest Thing» из сингла «Where the Streets Have No Name» была перезаписана и переиздана как сингл и в сборнике The Best of 1980—1990.

All that You Can’t Leave Behind и Elevation Tour (2000-02)

После относительно неутешительных отзывов альбома Pop U2 объявили, что они «повторно обращались для работы… лучшей группы в мире», и они с тех пор преследовали более обычное рок-звучание, смешанного с влияниями их музыкальных исследований 1990-х. All That You Can't Leave Behind был выпущен в октябре 2000 года и был спродюсирован Брайаном Ино и Даниэлем Лануа. Для многих из не выигранных музыкой 1990-х группы, это считали возвращением к изяществу; Rolling Stone назвал его «третьим шедевром» U2 рядом с The Joshua Tree и Achtung Baby. Альбом дебютировал под номером один в 22 странах и его мировой хит, «Beautiful Day» получил три награды «Грэмми» Остальные три сингла альбома также выиграли премии Грэмми.

Elevation Tour, после десятилетия выступления на стадионах, проходил на аренах с сердцеобразной сценой и пандусом, что делало группу ближе к публике. После нападений 11 сентября новый альбом получил добавленный резонанс, и в октябре, U2, выступили в Мэдисон Сквер Гарден в Нью-Йорке. Боно и Эдж позже сказали, что эти шоу в Нью-Йорке были среди их самых незабываемых и эмоциональных выступлений. В начале 2002 года U2 выступили в течение полупериода Super Bowl XXXVI, который SI.com занял место как лучшее шоу полупериода в истории Супер Боул.

How to Dismantle an Atomic Bomb и Vertigo Tour (2003-06)

Работа над How to Dismantle an Atomic Bomb («Как обезвредить атомную бомбу») началась в конце 2003 года. В июле 2004 года в Ницце, Франция, была украдена «сырая» запись альбома. В ответ Боно заявил, что если альбом появится в пиринговых сетях, то его немедленно начнут распространять через магазин iTunes, и в течение месяца он появится на прилавках.

Первая песня альбома — «Vertigo» («Головокружение») — была пущена в эфир 22 сентября 2004 года и стала международным хитом. Компания Apple вместе с U2, выпустила специальное издание плеера iPod. Модель отличалась красным колесом прокрутки и автографами участников группы, выгравироваными на задней крышке плеера. На iTunes был выпущен эксклюзивный набор The Complete U2 («U2 полностью»), включавший ранее не издаваемые материалы. Выручка была передана благотворительным организациям.