Композиции с Enter отличаются мелодичностью и звучанием в стиле «gothic/doom» — медленными пассажами клавишных и тяжёлыми гитарными риффами.

The Dance (1998—1999)

В 1998 году группа продолжила гастролировать и стала хедлайнером фестиваля Dynamo. Хотя Within Temptation не создали нового материала и пока не планировали запись нового альбома, за это время они издали мини-альбом The Dance, состоявший из трёх песен и двух ремиксов.

В 1999 году группа взяла перерыв от концертной деятельности для написания нового материала.

Mother Earth (2000—2004)

В 2000 году группа вернулась на сцену и выступила на таких голландских фестивалях как Waterpop, Bospop и Lowlands. 1 декабря вышел второй альбом Within Temptation Mother Earth, который поначалу показал достаточно скромные результаты в чартах.

Первый сингл с Mother Earth — «Our Farewell» — не попал в чарты, но второй — «Ice Queen» — стал для группы прорывом. В марте 2002 года он поднялся на второе место в чарте Нидерландов и на первое — в хит-параде Бельгии. Сам альбом к концу года достиг третьего место в чарте Нидерландов.

В 2001 году в группе произошли существенные изменения: Рюд Адрианюс Йоли стал вторым гитаристом, место ударника занял Стефен ван Хастрегт, Мартейна Вестерхольта по причине тяжелой болезни сменил Мартейн Спиренбюрг. После выздоровления Мартейн Вестерхольт создал собственную группу Delain.

В 2002 году прошли первые концерты группы во Франции и Мексике, а также большой концертный тур вместе с группой Paradise Lost. Mother Earth был переиздан в европейских странах, получил статус платинового в Германии. В странах Бенилюкса издается другой релиз — кавер-версия песни Кейт Буш «Running Up That Hill».

The Silent Force (2004—2006)

15 ноября 2004 года вышел третий альбом Within Temptation The Silent Force, который сразу же занял первое место в чарте Нидерландов. В 2005 году стартовал масштабный тур коллектива по Европе. Первые два сингла с The Silent Force — «Stand My Ground» и «Memories» — стали одними из самых успешных в дискографии группы. В качестве третьего сингла была выбрана композиция «Angels». «Stand My Ground» позже была использована в трейлере фильма «Кровь и шоколад». Также треки с альбома вошли в саундтрек к видеоигре Knights of the Temple: Infernal Crusade.

5 августа 2008 альбомы Mother Earth и The Silent Force были впервые официально изданы в США компанией Roadrunner Records.

The Heart of Everything (2007—2010)

АльбомThe Heart of Everything вышел 9 марта 2007 года в Нидерландах и 24 июля — в США. Два трека — «The Howling» и «Sounds of Freedom» вошли в саундтрек видеоигры The Chronicles of Spellborn. В мае Within Temptation отправились в тур по США вместе с Lacuna Coil.

Альбом дебютировал на первом месте в Нидердандах, повторив успех The Silent Force. Также он возглавил чарты Финляндии и Бельгии.

Первым синглом стала композиция «What Have You Done», записанная совместно с Кейтом Капуто, вокалистом Life of Agony. Первая версия видеоклипа была снята с 14 по 16 декабря 2006 года в клубе «Коко» в Лондоне, при участии множества поклонников Within Temptation. Несмотря на это, отснятый материал не понравился группе, и позже был создан совершенно иной видеоклип.

Второй сингл альбома — композиция «Frozen». Видео, снятое в Румынии, заостряет внимание на проблеме детского насилия. Средства от продажи сингла были направлены в детский благотворительный фонд.