Переиздание старых альбомов и последний тур

Около 1986 года Заппа провёл программу по полному переизданию своих ранних виниловых пластинок. Он лично наблюдал за ремастерингом всех своих альбомов на новый цифровой компакт-диск. Определённые аспекты этих переизданий, однако, были раскритикованы некоторыми поклонниками, назвав ремастеринг предательством оригинальных записей. Почти за двадцать лет до появления музыкальных интернет-магазинов, Заппа предложил заменить «продажу музыкальных записей» на «прямую передачу от одного цифрового носителя к другому» через телефон или кабельное телевидение (через лицензионный счёт и автоматически встроенный в программное обеспечение счётчик). В 1989 году Заппа описывал свою идею как «жалкий провал».

В 1987 году альбом Jazz from Hell (Jazz from Hell), выпущенный в 1986 году, принёс Фрэнку первую Грэмми за лучшее исполнение в жанре инструментальный рок. За исключением одного гитарного соло, альбом содержал композиции, написанные исключительно на синклавире (Synclavier). Несмотря на то, что инструментальный альбом вообще не содержал текстов песен, музыкальные магазины продавали альбом с наклейкой «откровенное содержимое» — предупреждением, введённым Американской ассоциацией звукозаписывающей индустрии Америки с соглашения Родительского центра по делам музыкальной продукции.

Последний тур Заппы в джаз-роковом формате состоялся в 1988 году вместе с 12 членами группы, репертуар которой состоял из более чем 100 композиций, однако сорвался ещё до своего завершения из-за обострившихся проблем со здоровьем. Записи тура попали на альбомы Broadway the Hard Way (Broadway the Hard Way) (новый материал, содержащий песни с сильным политическим акцентом), The Best Band You Never Heard in Your Life (The Best Band You Never Heard in Your Life) («стандарты» Фрэнка Заппы и эклектичная коллекция кавер-версий известных песен, начиная от Boléro Мориса Равеля и заканчивая композицией группы Led Zeppelin под названием Stairway to Heaven) и Make a Jazz Noise Here (Make a Jazz Noise Here) (в основном инструментальная и авангардная музыка). Частично записи тура также можно найти на 4 и 6 томе альбома You Can't Do That on Stage Anymore.

90-е: Классическая музыка и смерть

В начале 1990 года Заппа посетил Чехословакию по просьбе президента Вацлава Гавела в качестве консультанта по делам торговли, культуры и туризма. Гавел был пожизненным поклонником Фрэнка, творчество которого оказало большое влияние на авангардную и подпольную музыку Центральной Европы 70-х и 80-х годов (чешская рок-группа The Plastic People of the Universe (The Plastic People of the Universe), арестованная в 1976 году, получила своё название по песне Заппы Plastic People (Plastic People) 1967 года). Заппа с удовольствием согласился и начал встречаться с корпоративными чиновниками, заинтересованными в инвестициях Чехословакии. По истечению нескольких недель, однако администрация США оказала давление на правительство Чехии с требованием снять с поста Фрэнка Заппу. Вместо того, чтобы выполнить требование американской администрации, Гавел назначил Фрэнка неофициальным Cultural attaché. Заппа планировал создать международные приёмные предприятия для облегчения торговли между бывшими странами Восточного блока и западными компаниями. 24 июня 1991 года Заппа принял участие в концерте под названием Adieu Soviet Army, организованном в Праге в качестве прощания с последними советскими солдатами, которые остались в Чехословакии (Красная Армия оккупировала Чехословакию Пражской весной). Возможно, это было последнее выступление Фрэнка на сцене, запись которого появилась на альбоме Adieu C. A.