Похоронен на военном кладбище на полуострове Эгершельда (Владивосток). В связи с ликвидацией военного кладбища был перезахоронен на Морском кладбище Владивостока.

Вдова путешественника Маргарита Николаевна Арсеньева (его вторая жена, с первой — Анной Константиновной он развёлся) была репрессирована. Её под давлением заставили признаться в клевете. 11 февраля 1935 года открылось заседание Военного трибунала Особой Краснознамённой Дальневосточной армии, М. Н. Арсеньеву спросили о секретном докладе:

«Да, мой муж действительно писал доклад о Японской агрессии на ДВК, — подтвердила она, — и передал его бывшему председателю крайисполкома Крутову. Кажется, он посылал его и в Москву. После смерти Владимира Клавдиевича уполномоченный НКИД Гейсман просил, чтобы я поискала в архивах мужа, нет ли там черновика или каких-нибудь экземпляров этого доклада. Его надо было сдать, так как он секретный».

По иронии судьбы покойного В. К. Арсеньева посчитали главой японской разведки в России. Его подозревали в сговоре с китайцами и японцами, хотя он по заданию тех же чекистов написал книгу-исследование «Китайцы в Уссурийском крае». Маргарита Арсеньева была расстреляна 21 августа 1938 года.

Личный архив Арсеньева остался у его дочери, Натальи Владимировны Арсеньевой, у которой он был приобретён (по другой версии, конфискован) и передан Приморскому филиалу Географического общества СССР (ПФГО, бывшее Общество изучения Амурского края). После Великой Отечественной войны пропала его незаконченная рукопись «Страна Удеге», которую он писал 27 лет и редактировать которую согласился профессор Штернберг. Эта рукопись не обнаружена до сих пор.

Память

• Дом Владимира Арсеньева во Владивостоке сейчас открыт для публичного посещения, так как является главным в крае музеем, который также посвящён его имени.
• Именем Арсеньева названы ледник на северном склоне Авачинской сопки, приморский город, стоящий в долине переименованной в его честь реки Даубихе (Арсеньевка), центральная улица приморского посёлка Кавалерово, улицы и переулки в других населённых пунктах Дальнего Востока.
• Бюсты установлены в музее геологии МГУ, на территории и в здании Арсеньевского городского музея. В 1970-е годы на сопке Увальной у г. Арсеньева поставлен комплекс из барельефа с высеченным лицом Дерсу Узала и ростового памятника Арсеньеву (см. фото в статье)
• В 1990 году имя Владимира Клавдиевича Арсеньева было присвоено пассажирскому теплоходу — флагману Амурского речного пароходства (прежнее название «30 лет ГДР»).
• В честь Арсеньева назван представитель бокоплавов, обитающий в источниках долины реки Хор, — Crangonyx arsenjevi.
• В память об Арсеньеве названы род травянистых растений Starod. из семейства Лютиковые, включающий пять видов, и один из видов мятлика — Prob., найденный в 1984 году в верховьях ключа Белого (бассейн реки Рудной) возле посёлка Краснореченский Дальнегорского района.

Научный вклад

• География: дал описание рельефа Приморья и впервые детально обследовал горную систему Сихотэ-Алиня.
• Этнография: рассказы о быте и нравах коренного населения Дальнего Востока.
• Гидрография: нашёл неизвестные истоки самых крупных рек Приморья и получил первые сведения об их глубинах, режимах течения.
• Метеорология Приморья: выделил две зоны с резко непохожим климатом и разделил их на подобласти с определёнными характеристиками.

Также изучал зверей, птиц, рыб и растения Приморья. Доказал, что нанайцы, удэгейцы, орочи — потомки древнего и исконного населения Дальнего Востока и Сибири.

Книги

• По Уссурийскому краю
• Дерсу Узала
• В горах Сихотэ-Алиня
• Сквозь тайгу
• Китайцы в Уссурийском крае
• В кратере вулкана
• Дорогой хищник
• Искатели жень-шеня
• Быт и характер народностей Уссурийского края
• Страна Удеге (исчезнувшие рукописи)

«Дерсу Узала» впервые экранизировал Агасий Бабаян в 1961 г. Спустя 14 лет Акира Куросава снял по мотивам этого произведения Арсеньева одноимённый фильм, который принёс японскому режиссёру премию «Оскар».

В 2007 году Издательство «Краски» выпустило в свет первое полное (не сокращённое) собрание сочинений В. К. Арсеньева по текстам дореволюционных прижизненных работ автора. Последующие их советские переиздания были сильно сокращены.

Библиография

Сочинения

• Собрание сочинений В. К. Арсеньева в 7 томах

Отдельные издания и рецензии на них

1. Избранные произведения: В 2 т./Вступ. ст. В. Гуминского. — М. Сов. Россия, 1986. Т. 1: По Уссурийскому краю; Дэрсу Узала. — 576 с.; Т. 2: В горах Сихотэ-Алиня; Сквозь тайгу. — 416 с.

1. По Уссурийскому краю; Дэрсу Узала/Послесл. И. Кузьмичева. — М.: Правда, 1983. — 447 с: пл.

1. В дебрях Уссурийского края. — М.: Современник, 1983. — 349 с: ил. — Содерж.: По Уссурийскому краю; Дэрсу Узала. То же. — Мысль, 1987. — 491 с.

1. По Уссурийскому краю/Предисл к первому изд. В. К. Арсеньева; Послесл. Н. Е. Кабанова — Хабаровск: Кн. изд-во, 1984. — 352 с. — (Дал. Восток: героика, труд, путешествия) То же. — 1988. — 349 с.

Публикации в периодических изданиях и сборниках

1. На Крайнем Севере Сибири: Малоизвест. очерк В. К. Арсеньева/ Вступ. ст. и публ. Белодубровского Е.//Байкал. — 1983. — № 4 — С. 133—135.

1. Доклад В. К. Арсеньева Дальневосточному краевому комитету ВКП(б)// Жёлтая опасность — Владивосток: Изд-во «Ворон», 1996—135 с.

Библиографические указатели работ

• Арсеньев Владимир Клавдиевич: [список лит.] // Рус. литература Сибири. 1917—1970 гг.: библиогр. указ. — Новосибирск, 1977. — Ч. 2. — С. 20—26.
• Арсеньев В. К. : [список лит.] // Сов. литературоведение и критика: указ. кн. и ст. за 1971—1973 гг. — М., 1979. — С. 152.
• Кабанов Н. Е., Моск. об-во испыт. прир., сер. историч, 1947, 29
• Писатели Дальнего Востока: биобиблиогр. справ. — Хабаровск, 1973. — [Вып. 1]. — С. 35—38.
• Писатели Дальнего Востока: биобиблиогр. справ. / Сост. В. Кирпиченко, Л. Н. Циновская, отв. за выпуск Г. А. Гаврилова. — Хабаровск: Хабаровская краевая научная библиотека, 1989. — [Вып. 2]. — С. 26—29.
• Половинкин А., Сов. Азия, 1930, 5—6