Осенью 1922 года за «нарушение партдисциплины» и «проявления национализма» Ауэзов был исключён из партии большевиков, в которой состоял три с половиной года. Он оставил свой пост в Оренбурге и поступил вольнослушателем в Среднеазиатский Туркестанский университет в Ташкенте, сотрудничая в журнале «Шолпан».

Весной 1923 года Мухтар Ауэзов по предложению крупного этнографа, историка и фольклориста Абубакира Диваева, выпускника Оренбургского кадетского корпуса, принимал участие в научной комиссии в Чингизскую волость Каркаралинского уезда «для сбора и приемки сохранившихся рукописей переводов работ John William Draper, Льюиса, Спенсера» и оригинальных трудов Абая — философских заметок и стихов. Спутниками Ауэзова были бывшие известные алашординцы Халел Досмухамедов и Магжан Жумабаев, впоследствии это сотрудничество послужило поводом для обвинения Ауэзова в причастности к «Алаш-Орде».

В октябре 1923 году поступил на филологическое отделение Ленинградского государственного университета. Там произошло знакомство Мухтара Ауэзова и Валентины Николаевны Кузьминой, которая стала его третьей супругой. Но после первого курса он вернулся в Казахстан. Осенью 1925 года снова поехал в Ленинград и закончил учёбу в 1928 году. По окончании Ленинградского университета в августе 1928 года молодая семья переехала в Ташкент, здесь он поступил в аспирантуру Среднеазиатского университета, одновременно преподавая. В 1929 году родилась их дочь Лейла, впоследствии доктор исторических наук, директор Дома-Музея Мухтара Ауэзова.

В 1930 году Ауэзов был арестован по обвинению в связи с организацией молодых казахских писателей «Алка» и он провёл 2,5 года в заключении. Жена с дочерью вернулись в Ленинград.

Выйдя на свободу, Ауэзов преподавал в вузах Алма-Аты, продолжая писать пьесы. Его друг и поэт Ильяс Джансугуров советовал Ауэзову бросить политику и заняться исследованием творчества знаменитого родственника. И в 1933 году Ауэзов выпустил первое полное собрание стихов Абая «Абай Кунанбай-улы толык жинак» (латиницей) в Кзыл-Орде, готовил первое научное собрание произведений Абая, параллельно в Казахском музыкальном театре шли его пьесы. Семья воссоединилась, и в 1943 году родился сын Ернар, будущий биолог. К первому пленуму Союза писателей Казахстана, состоявшемуся в мае 1937 года Ауэзов являл собой самую яркую фигуру на литературном небосклоне Казахстана. Но и самую преследуемую: по старой памяти его труды запрещались местными органами НКВД, изымались из библиотек, сам он был уволен с работы.

Он уехал в Москву и много сотрудничал с писателем Леонидом Соболевым. Они написали трагедию «Абай», научное исследование «Эпос и фольклор казахского народа», выпустили сборник «Песни казахского народа».

С началом войны Ауэзов вернулся в Казахстан, работал в Институте языка, литературы и истории КазФАН СССР. В 1942 году выпустил первую книгу романа «Абай». Тогда же жил гражданским браком с Фатимой Габитовой, вдовой его расстрелянного НКВД в 1937 году друга Ильяса Джансугурова. В 1943 году у них родился сын Мурат, впоследствии учёный-культуролог, учредитель Фонда Мухтара Ауэзова.

В 1945 году, в год столетия Абая, Ауэзов написал либретто оперы «Абай», сценарий художественного кинофильма «Песни Абая», новый вариант биографии Абая и несколько статей о нём. В Москве вышла первая книга «Абай», его наградили орденом Трудового Красного Знамени. На следующий год он стал доктором филологических наук, профессором, академиком АН Казахской ССР. В 1947 году была опубликована вторая книга «Абай» на казахском языке, в 1948 году — обе книги на русском языке.