В 1984-м году произошёл интересный случай. «Архивариусом бит-поколения» Bill Mogran (archivist) в документах Аллена Гинзберга, располагающихся в Butler Library при Колумбийском университете, была обнаружена на четверть века забытая рукопись «Интерзоны» в редакции Берроуза, Керуака и Ансена за 1958 год. По предложению Гинзберга текст был отправлен самому Берроузу в Канзас, откуда автор смог наблюдать за процессом редактуры. Итогом их совместной работы стала публикация полного текста романа с дополнительными материалами, ранее неопубликованными или опубликованными частями в составе более крупных работ Берроуза. Работа над составлением текста заняла пять лет — издателем «Интерзоны» выступил американский Viking Press, выпустивший книгу в 1989 году.

В 1985-м писатель совершил последнюю поездку в Танжер, где он активно сотрудничал с Дэвидом Кроненбергом, обсуждая возможности экранизации «Голого завтрака». В ходе поездки, организованной продюсером проекта Джереми Томасом, Кроненберг принял окончательное решение взяться за экранизацию «Голого завтрака». Берроуз, не принимавший участия в создании сценария, работу Кроненберга одобрил. Писатель положительно отнёсся к тому, что в сценарии использованы фрагменты других его книг (в частности, «Дезинсектора»), а также драматические факты личной жизни (убийство жены). Кроненберг мотивировал отступления от текста романа тем, что дословно перенести «Голый завтрак» на экран было бы невозможно, поскольку подобная экранизация «обошлась бы в 400 миллионов долларов и была бы запрещена во всех странах мира». На главную роль режиссёр утвердил Питера Уэллера, давнего поклонника романа «Голый завтрак». Актёр не раздумывая ухватился за возможность сыграть в экранизации «великой книги о контроле, зависимости и власти», как он сам её для себя определил. Из-за вспыхнувшего в августе 1990 года вооружённого конфликта в Персидском заливе вместо запланированного Танжера съёмки фильма проходили в павильонах Торонто. Тем не менее, Берроуз остался доволен готовой картиной — по его словам, Дэвид Кроненберг «сделал всё очень хорошо», и «фильм получился».

Весной 1986 года умер близкий друг Берроуза, Брайон Гайсин; писатель крайне тяжело переносил потерю и винил себя в том, что не оказался в тот момент рядом. Единственным утешением для автора стала ограниченная публикация книги «Кот внутри» (1986, рус. перевод 1999) — всецело посвящённой кошкам, которых он страстно любил; издание было снабжено восемью иллюстрациями за авторством Гайсина. О своей глубокой привязанности к животным писатель говорил в начале книги: «Пятнадцать лет назад мне приснилось, что на удочку с крючком я поймал белую кошку. По какой-то причине я не собирался бросить её назад, но она, жалобно мяукая, об меня потёрлась. С тех пор как я взял себе Руски [один из любимых питомцев Берроуза], кошачьи сны приходят яркие и частые. <…> В последние годы я стал преданным кошатником». Осенью этого же года Берроуз заканчивает трилогию, написав роман «Западные земли» (1987, рус. перевод 2005). Одна из глав в книге была проиллюстрирована художником Китом Харингом, который испытывал сильное влияние визуальных работ Берроуза на своё изобразительное творчество; год спустя эти двое также создали графическую книгу «Apocalypse» (Апокалипсис, 1988).

1990-е и смерть