В этой должности Болотов находился почти до самого вступления на престол Екатерины II. Незадолго перед тем, по повелению Петра III, у всех не командующих генералов были отобраны штаты, и Болотову следовало бы, оставаясь на службе, отправиться в свой полк в Силезию. Предпочитая учёные занятия военной службе, Болотов вышел в отставку в чине капитана и поселился в своём родовом имении.

Жизнь в деревне

В деревне Болотов отдался сельскому хозяйству и наукам. По различным руководствам иностранных авторов Болотов изучал теоретически все отрасли сельского хозяйства, начал записывать и свои наблюдения. Он занимался также различными этическими и педагогическими вопросами, издал книги по этике, философии и педагогике.

Болотов завязал отношения с только что основанным Вольным экономическим обществом. Последнее приглашало сельских хозяев отвечать на разные сельскохозяйственные вопросы, и Болотов воспользовался этим. Он написал на заданные вопросы ответы, которые с одобрением были приняты и помещены в «Трудах» общества.

Болотова избрали членом общества и продолжали печатать присылаемые им статьи, которых впоследствии набралось столько, что могла бы составиться целая сельскохозяйственная энциклопедия. Из всех отраслей сельского хозяйства Болотов особенно любил садоводство, занимаясь в своём имении разведением садов. Накупив по естествознанию и сельскому хозяйству много книг ещё в Пруссии, он год от году увеличивал свой книжный запас, так что с течением времени у него составилась замечательная библиотека.

Когда понадобился опытный сельский хозяин для управления Киясовской волостью (в Серпуховском уезде), купленной Императрицей Екатериною II, то князь С. В. Гагарин по рекомендации Вольного экономического общества предложил Болотову сначала описать эту волость, а затем принять на себя и управление ею. Болотов более 23-х лет управлял собственными волостями Императрицы, сначала только Киясовской, а потом также Богородицкой (Тульской губернии) и Бобриковской. За труды по управлению Болотов был удостоен Высочайшего благоволения и награждён чином коллежского асессора.

В это время Болотов приступил к изданию своих сочинений, как оригинальных, так и переводных. Так как Вольное экономическое общество не могло поместить в «Трудах» всех сочинений Болотова, то он стал издавать свой сельскохозяйственный еженедельный журнал «Сельской житель. Экономическое в пользу сельских жителей служащее издание», который издавался в 1776 и 1779 годах. В 1780 году Н. И. Новиков, издававший тогда «Московские ведомости», предложил Болотову для каждого номера газеты составлять по одному печатному листу под названием «Экономический магазин». Болотов с удовольствием принял это предложение и сотрудничал с «Московскими ведомостями» в течение 10 лет, с 1780 по 1790 годы, опубликовав там около 4000 статей. Единственным постоянным помощником Болотова был его сын, который занимался переписыванием набело. Из десятилетнего издания «Экономический магазин» составилась целая энциклопедия в 40 томов. В заглавии этого сочинения говорилось, что оно есть «собрание всяких экономических известий, опытов, открытий, примечаний, наставлений, записок и советов, относящихся до земледелия, скотоводства, до садов и огородов, до лугов, лесов, прудов, разных продуктов, до деревенских строений, домашних лекарств, врачебных трав и до всяких нужных и неизбежных городским и деревенским жителям вещей».