В 1853 году, с началом крымской кампании, Чайковский был призван в ряды турецкой действующей армии и назначен начальником всего казацкого населения Порты. Он сформировал регулярный казачий полк из славян христианских исповеданий, получивший впоследствии название «Славянского легиона», и немедленно выступил с этим полком к Шумле. Оставив свой полк в Шумле, сам он прибыл в Варну, где вместе с великим визирем Кипризли-Мехмет-пашой, Риза-пашой, маршалом Сент-Арно и лордом Рагланом обсуждал первоначальный план крымской кампании. При осаде Силистрии кн. Паскевичем Чайковский снабжал осажденную крепость провиантом, а по отступлении русских войск от Силистрии был призван командовать авангардом армии, которая должна была перейти Дунай и проникнуть в Румынию. После сражений при Журже и Фратешти Чайковский по пятам русской армии вошёл в Бухарест и занимал этот город со своими казаками в течение 15 дней, до прибытия Омер-паши. Позже он командовал 15-тысячным корпусом, расположенным на Серете и Пруте, откуда был послан со своими казаками и некрасовцами в Добруджу, чтобы восстановить порядок в этой провинции. Отсюда им подан был проект освобождения Карса походом на Тифлис, но проект этот принят не был вследствие противодействия Англии и Австрии, желавших скорейшего окончания войны. После заключении мира султан выразил благодарность Чайковскому и даже присвоил ему титул «Глаз, ухо и правая рука престола». Чайковский был сделан румелийским беглербеем (начальник султанской кавалерии) и получил поручение очистить Балканы от разбойничьих шаек, размножившихся после войны; полк же его, в награду за службу, был внесен в список регулярных полков армии (низам). В течение двух лет Чайковский со своим полком искоренял разбойничество в Фессалии и Эпире, откуда был переведен в обсервационный лагерь на Косовом поле и снова отправлен на границы Греции из-за революции, свергнувшей короля Оттона.

Там его застал 1863 год; к польскому восстанию Чайковский отнесся крайне отрицательно, так как вообще не сочувствовал отделению Польши от славянского мира, и кроме того, видел в этом восстании «протест против надела крестьян собственностью». С греческой границы кавалерия Чайковского была переведена в Константинополь и зачислена в гвардию султана, сам же Чайковский произведен в генералы и награждён орденом Меджидие II степени. В 1867 году он был послан в Болгарию, где вспыхнуло восстание, и за свою умелую гуманную деятельность там удостоился благодарности султана. После 1863 года, с усилением польской эмиграции, в Турции против Чайковского начались усиленные интриги поляков, видевших в нём изменника народному делу. К этому ещё присоединилось несочувственное отношение молодой турецкой партии ко всяким национальным организациям (вроде Славянского легиона). Тогда, утомленный постоянной борьбой и неприятностями, Чайковский подал в отставку.

Возвращение в Россию

Вскоре после этого он получил от русского правительства разрешение вернуться в Россию, куда и прибыл в конце 1872 года. По возвращении в Россию Чайковский принял православие (он был униатом) и поселился в Киеве. От русского правительства ему было назначено содержание; кроме того, он сохранил пенсию, выслуженную в Турции.

За несколько лет до смерти он переселился в свое имение Борки, Черниговской губернии, где и покончил жизнь самоубийством в ночь с 5 на 6 января 1886 года. Поводом к этому послужили семейные недоразумения.

Последние годы своей жизни Чайковский вел самую разнообразную и обширную корреспонденцию с политическими людьми и журналистами России и Австрии, а также печатал много воспоминаний, повестей и рассказов (между прочим в «Русском Вестнике», «Киевлянине» и «Московских Ведомостях»). Личность Чайковского вызывала к себе крайне противоположное отношение. В то время как известная часть русской печати готова была видеть в нём крупного и самостоятельного политического деятеля, польская печать относилась к нему крайне враждебно, не признавала за ним никакого значения и видела в нём только ренегата.

Литературное творчество

Литературное дарование Чайковского русской критикой оценивалось как не великое и не оригинальное. Рассказы его напоминают Гоголя, Основьяненко, Шевченко и вообще всех писателей юга России, изображавших казацкий быт. Одна основная идея проходит почти через все его произведения: поляки и украинцы по происхождению одной нации, славяне, а москали — народ туранский, полукочевой и лишённый гражданственности. На борьбу Польши с Украиной он смотрел романтически, как на турнир. Его язык считали вычурным; польский литературный критик и прозаик М. Грабовский критиковал его «поэтическую прозу». Ещё более резкий отзыв о его произведениях находим в «Истории славянских литератур» Пыпина и Спасовича, где Чайковский прямо назван сочинителем плохих повестей. Тем не менее в своё время повести его имели большой успех и переводились на европейские языки. Вот главнейшие из них:

• „Powieści kozackie“ (1837)
• „Wernyhora“
• „Kirdżali“ (1839)
• „Ukrainki“
• „Stefan Czarniecki“ (1840)
• „Hetman Ukrainy“ (1841)
• „Dziwne życia Polaków i Polek“
• „Bolgaria“
• „Bosnia“
• „Nemolaka“

В 1862−1873 годах сочинения его были изданы в 12 томах. Переводы некоторых его повестей помещались также в русских повременных изданиях («Болгария» — в «Русском вестнике» за 1873 году, № 6−11, «С устьев Дуная» — в «Киевлянине» за 1873 год, «Босния» — в «Московских ведомостях» за 1875 год и др.). Последними его произведениями были «Воспоминания», имеющие большой автобиографический и исторический интерес (начались печатанием в «Русской Старине» с ноября 1895 года).