Отдалённым последствием изменения первоначального проекта стало возникновение города Новосибирска. Строительство моста через Обь требовало множества рабочих рук, и небольшой посёлок, называвшийся в 1891 г. Новой деревней, стал быстро расти. В дальнейшем он получил название «Новониколаевский» (в честь царя Николая II), а в 1903 г. стал городом Ново-Николаевском (с 1926 г. — Новосибирск).

Изыскания Михайловского доказали также целесообразность обхода железнодорожной магистралью города Томска: «принимая во внимание транзитное значение Сибирской дороги, не было никаких оснований заставлять пробегать транзитные грузы лишних 120—150 верст». Кроме того, поворот на Томск привёл бы к значительному удорожанию строительства из-за неблагоприятных условий местности, а эксплуатация будущей линии была бы затруднена. Министерством путей сообщения был утверждён проект Михайловского, предполагавший проведение магистрали в 85 км южнее Томска, с последующим строительством особой ветки на Томск от станции Тайга. Строительство Транссибирской магистрали в обход Томска, как ни странно, ещё и в наше время многим представляется трудноразрешимой загадкой (несмотря на несомненную экономическую целесообразность этого решения, хорошо обоснованную Михайловским).

В июле 1892 г. Михайловский получил должность заведующего изысканиями на строительстве Казано-Малмыжской железной дороги. В том же году, после успешного литературного дебюта в качестве беллетриста, Михайловский возобновил свою публицистическую кампанию в печати как специалист-инженер. Его критические заметки по разным проблемам развития в России железнодорожного дела печатались, под разными псевдонимами, в журналах и газетах не только столичных, но и провинциальных (например, в «Волжском вестнике» и «Ирбитском ярмарочном листке»). Особо настойчиво Михайловский пропагандировал идею строительства дешёвых узкоколейных железных дорог.

В министерских кругах публицистическая деятельность Михайловского встречена была резко отрицательно и принесла ему уничижительное прозвище «узкоколейщика». Дело дошло наконец до того, что министр путей сообщения потребовал от Михайловского прекращения выступлений в печати. Не считая возможным подчиниться, он подал в отставку (1894 г.), но без работы не остался и в дальнейшем проводил изыскания по поручениям земств (Казанского, Вятского, Костромского, Волынского). В свободное от изысканий время Михайловский жил в Самаре. Здесь в 1895 г. он познакомился с Горьким.

Начальник строительства Кротовско-Сергиевской железной дороги (1895—1897)

Михайловский был инициатором, идеологом, организатором и строителем в Самарской губернии ответвления Самаро-Златоустовской железной дороги «Кротовка-Сергиевск», где впервые в России была использована дешевая узкая колея. Непростая история борьбы за воплощение этого проекта в жизнь дала богатый материал для написанной вскоре книги очерков «В сутолоке провинциальной жизни».

Строительство Кротовско-Сергиевской железной дороги началось в сентябре 1895 г. (сообщение о начале строительства «на днях» помещено в газете «Самарские вести» от 1 сентября 1895 г.). Михайловский, впервые в своей жизни ставший руководителем такого большого дела, ввёл на строительстве небывалые порядки: выборность администрации, коллегиальность в принятии решений, общественный контроль за финансами. Его административные принципы ярко выражены в одном из служебных циркуляров: