Устроив свои дела, Гоголь опять отправился за границу, в любимый Рим; друзьям он обещал вернуться через год и привезти готовый первый том «Мёртвых душ». К лету 1841 года первый том был готов. В сентябре этого года Гоголь отправился в Россию печатать свою книгу.

Ему снова пришлось пережить тяжёлые тревоги, какие испытал он некогда при постановке на сцене «Ревизора». Книга была представлена сначала в московскую цензуру, которая собиралась совсем запретить её; затем книга отдана в цензуру петербургскую и благодаря участию влиятельных друзей Гоголя была, с некоторыми исключениями, дозволена. Она вышла в свет в Москве («Похождения Чичикова или Мёртвые души, поэма Н. Гоголь», М., 1842).

В июне Гоголь опять уехал за границу. Это последнее пребывание за границей было окончательным переломом в душевном состоянии Гоголя. Он жил то в Риме, то в Германии, во Франкфурте, Дюссельдорфе, то в Ницце, то в Париже, то в Остенде, часто в кружке своих ближайших друзей — Жуковского, Смирновой, Виельгорских, Толстых, и в нём всё сильнее развивалось то религиозно-пророческое направление, о котором упомянуто выше.

Высокое представление о своём таланте и лежащей на нём обязанности повело его к убеждению, что он творит нечто провиденциальное: для того, чтобы обличать людские пороки и широко смотреть на жизнь, надо стремиться к внутреннему совершенствованию, которое даётся только богомыслием. Несколько раз пришлось ему перенести тяжёлые болезни, которые ещё больше увеличивали его религиозное настроение; в своем кругу он находил удобную почву для развития религиозной экзальтации — он принимал пророческий тон, самоуверенно делал наставления своим друзьям и в конце концов приходил к убеждению, что сделанное им до сих пор было недостойно той высокой цели, к которой он считал себя призванным. Если прежде он говорил, что первый том его поэмы есть не больше, как крыльцо к тому дворцу, который в нём строится, то в это время он готов был отвергать всё им написанное, как греховное и недостойное его высокого посланничества.

Николай Гоголь с детских лет не отличался крепким здоровьем. Смерть в отрочестве его младшего брата Ивана, безвременная кончина отца наложили отпечаток на его душевное состояние. Работа над продолжением «Мёртвых душ» не клеилась, и писатель испытывал мучительные сомнения в том, что ему удастся довести задуманное произведение до конца. Летом 1845 года его настигает мучительный душевный кризис. Он пишет завещание, сжигает рукопись второго тома «Мёртвых душ». В ознаменование избавления от смерти Гоголь решает уйти в монастырь и стать монахом, но монашество не состоялось. Зато его уму представилось новое содержание книги, просветлённое и очищенное; ему казалось, что он понял, как надо писать, чтобы «устремить всё общество к прекрасному». Он решает служить Богу на поприще литературы. Началась новая работа, а тем временем его заняла другая мысль: ему скорее хотелось сказать обществу то, что он считал для него полезным, и он решает собрать в одну книгу всё писанное им в последние годы к друзьям в духе своего нового настроения и поручает издать эту книгу Плетнёву. Это были «Выбранные места из переписки с друзьями» (СПб., 1847).

Большая часть писем, составляющих эту книгу, относится к 1845 и 1846 годам, той поре, когда религиозное настроение Гоголя достигло своего высшего развития. 1840-е годы — пора формирования и размежевания двух различных идеологий в современном ему русском образованном обществе. Гоголь остался чужд этому размежеванию несмотря на то, что каждая из двух враждующих партий — западников и славянофилов, предъявляла на Гоголя свои законные права. Книга произвела тяжёлое впечатление и на тех, и на других, поскольку Гоголь мыслил совершенно в иных категориях. Даже друзья-Аксаковы отвернулись от него. Гоголь своим тоном пророчества и назидания, проповедью смирения, из-за которой виднелось, однако, собственное самомнение; осуждениями прежних трудов, полным одобрением существующих общественных порядков явно диссонировал тем идеологам, кто уповал лишь на социальное переустройство общества. Гоголь, не отвергая целесообразности социального переустройства, основную цель видел в духовном самосовершенствовании. Поэтому на долгие годы предметом его изучения становятся труды отцов Церкви. Но, не примкнув ни к западникам, ни к славянофилам, Гоголь остановился на полпути, не примкнув целиком и к духовной литературе — Серафим Саровский, Игнатий (Брянчанинов) и др.