Летом 1988 года Б. Кагарлицкий становится одним из лидеров создающегося Московского народного фронта (МНФ), где вместе с М. Малютиным вёл борьбу за социалистическую ориентацию новой организации.

В январе 1989 года МНФ предпринял попытку выдвинуть Кагарлицкого в народные депутаты СССР, но неудачно. Летом-осенью 1989 года в связи с ослаблением влияния социалистического крыла МНФ Б. Кагарлицкий создаёт Московский комитет новых социалистов (МКНС), постепенно отходя от участия в деятельности фронта. В конце 1989 года создал Всероссийский комитет за Социалистическую партию (ВКСП).

В начале 1990 года вошёл в блок кандидатов в народные депутаты «Демократическая Россия» и в марте был избран депутатом Моссовета. Один из авторов предвыборной программы «Город для горожан», которую поддержало около ста кандидатов в депутаты Моссовета от блока «ДемРоссия». В Моссовете открыто выступил против Гавриила Попова. Уже летом 1990 года вышел из «ДемРоссии», создав депутатскую группу «Московские левые» (позднее «Фракция труда»). В июне 1990 года участвует в создании Социалистической партии и избирается в её исполком. Летом-осенью того же года участвовал в попытке организации левого блока «Народное самоуправление», который должен был противостоять как консерваторам из КПСС, так и демократам из «ДемРоссии».

Весной 1991 года участвовал в попытке выдвинуть Татьяну Корягину в мэры Москвы от левых, но неудачно. В августе 1991 года вошёл в число инициаторов создания Партии труда (ПТ). В январе 1992 года Кагарлицкий становится членом Совета Московской городской организации ПТ, а в октябре членом Совета и исполкома партии.

В 1993 году Б. Кагарлицкий, разочарованный тем как идёт становление Партии труда, пытается договориться об объединении с Социалистической партией трудящихся. После того, как президент Ельцин подписал указ №1400 о роспуске Верховного Совета, выступил против незаконных действий главы государства. 3 октября 1993 года был задержан «вооруженными людьми в милицейской форме и в гражданском» вместе с депутатом Моссовета Владимиром Кондратовым и пресс-секретарём ФНПР Александром Сегалом якобы по подозрению в угоне автомобиля и избит, освобождён на следующий день благодаря члену Президентского совета Сергею Караганову и журналистам.

В 1994—1995 годах, во многом из-за конфликта с руководством ФНПР, Партия труда фактически прекратила своё существование, хотя и формально не была распущена. Осенью 1997 года баллотировался в Московскую городскую думу от Блока Николая Гончара, но проиграл выборы. После этого Б. Кагарлицкий отошёл от активного участия в политике, занимаясь преимущественно научными исследованиями, политической публицистикой и преподаванием.

В начале 2000 года принял участие в организации «Союза—2000», который планировал участвовать в выборах в парламент Союза России и Белоруссии, в итоге не состоявшихся. Во время выборов Президента РФ призывал к бойкоту первого тура выборов и к голосованию «против всех» — во втором.

9—10 ноября 2001 года принял участие в международной кампании солидарности против действий ВТО и других финансовых институтов и в учредительной конференции антиглобалистского движения «Мир — не товар»

В 2005 году участвовал в создании Левого фронта (ЛФ). Вскоре Московский Совет ЛФ раскололся на «умеренных», выступавших за сотрудничество с КПРФ, и «радикалов», настроенных против союза с партией Зюганова. Б. Кагарлицкий, примкнув к последним, покинул Совет и вошёл в Организационное совещание. Позднее он разочаровался в Левом фронте.

Конфликтные ситуации

В 2006 году обвинил лидера КПРФ Геннадия Зюганова в том, что тот торговал местами в партийных списках на парламентских выборах. Зюганов подал на Кагарлицкого в суд, после чего политолог со своей стороны подал встречный иск на Зюганова. По иску Кагарлицкого суд присудил Зюганову штраф в 500 рублей. Дело «Зюганов против Кагарлицкого» продолжалось более полутора лет и закончилось мировым соглашением, которое пресса КПРФ интерпретировала как свою победу.

Книги

• 1988 — Диалектика надежды
• 1992 — Расколовшийся монолит. Россия накануне новых битв
• 2000 — Реставрация в России
• 2002 — Глобализация и левые
• 2003 — Кагарлицкий Б.Ю., М., Ультра.Культура, 2003
• 2004 — Периферийная империя: Россия и миросистема (оглавление) (главы из книги)
• 2005 — Марксизм: не рекомендовано для обучения — М.: Алгоритм, Эксмо ISBN 5-699-13846-3 (Философский бестселлер)
• 2005 — Кагарлицки й Б.Ю., Екатеринбург, Ультра.Культура, 2005 (оглавление)
• 2007 — Кагарлицкий Б. Ю., М., Алгоритм, 2007
• 2009 — Кагарлицкий Б. Ю., М., Эксмо, 2009
• 2010 — Кагарлицкий Б. Ю., М., Издательский дом Государственного университета — Высшей школы экономики, 2010

Статьи

• Глобализация левых
• Речь Бориса Кагарлицкого на презентации книги «Глобализация и левые»