Бывший сотрудник Службы безопасности Президента РФ Денис Храмцов вспоминал, что благодаря близости Коржакова к Ельцину "СБП пользовалась приоритетным вниманием Кремля и в плане финансирования, и в политическом отношении".

В 1992 году Коржакову было присвоено звание генерал-майора. В 1993 году провёл комплектацию штата СБП и ГУО высококлассными специалистами. В октябре 1993 года Коржаков возглавил группу «А», которая принимала участие в штурме Дома Советов, лично арестовывал Хасбулатова и Руцкого. Коржаков уже после вывода пленных на лестницу Дома Советов публично требовал расстрела защитников парламента: «У меня приказ — ликвидировать всех, кто в форме!» Хотя в своей книге «От рассвета до заката» говорит, что отпустил всех домой.

В июле 1995 года, с назначением Михаила Барсукова директором Федеральной службы безопасности, Главное управление охраны во главе с новым начальником ГУО Юрием Крапивиным было переподчинено Службе Безопасности Президента, а Коржаков, соответственно, перестал быть первым заместителем начальника ГУО.

23 марта 1996 года вошёл в состав предвыборного штаба Б.Ельцина. В мае 1996 года был назначен первым помощником Президента Российской Федерации — начальником Службы Безопасности Президента Российской Федерации.

По мнению Дениса Храмцова, Коржаков "был больше бизнесмен, чем силовик... Фактически можно сказать, что Коржаков преследовал какие-то свои коммерческие цели. У меня даже возникало мнение, что в определенных ситуациях, как, например, при штурме нашим подразделением "Мост-банка", это были исключительно разборки финансового плана".

20 июня 1996 года был уволен со всех постов в результате скандала, возникшего в ходе дела о «коробке из-под ксерокса» в ходе предвыборной кампании Б. Ельцина. Через несколько месяцев вступил в политический альянс с Александром Лебедем. 15 сентября 1998 года был уволен с военной службы.

В этот период активно общался с прессой. Западные СМИ реагировали на сенсационные заявления российского ньюсмейкера:

Бывший начальник Службы безопасности президента РФ Коржаков заявил журналистам, что Березовский уговаривал его убить Владимира Гусинского, Юрия Лужкова, Иосифа Кобзона и Сергея Лисовского (газета «Новый Взгляд», 19 октября 1996 года)

Депутат ГД РФ

В феврале 1997 года был избран депутатом Государственной думы по Тульскому избирательному округу № 176, набрав 26,3 % голосов. В 1997 году опубликовал ставшие скандально известными воспоминания «Борис Ельцин: от рассвета до заката» (М., 1997), в которых критиковал окружение Б. Ельцина, в том числе и его семью, но практически не задевал самого президента Российской Федерации.

С января 2000 года — член депутатской фракции «Отечество-Вся Россия», заместитель председателя Комитета Государственной думы по обороне, член комиссии по рассмотрению расходов федерального бюджета, направленных на обеспечение обороны и государственной безопасности Российской Федерации. Перешёл во фракцию партии «Единая Россия» и оставался в ней до конца депутатской деятельности.

С декабря 2003 года — заместитель председателя Комитета Государственной думы по обороне от фракции «Единая Россия».

С декабря 2007 года — член Комитета Государственной думы по обороне от фракции «Единая Россия».

В 2011 году Александр Коржаков завершил свою депутатскую деятельность.

Неполитическая занятость

Коржаков снимался в кино, исполнил роль начальника службы безопасности Короля в фильме Александра Абдулова «Бременские музыканты & Co» (2000) и генерала ФСБ в фильме В.Сергеева «Небо и земля» (2003). В 2004 году снялся в картине режиссёра Наны Джорджадзе «Только ты, или богатая Лиза».

Был консультантом художественного фильма «Шизофрения».

Награды и звания

Кандидат экономических наук, действительный член (академик), профессор и вице-президент Академии проблем безопасности, обороны и правопорядка, действительный член (академик) Академии медико-технических наук. Писатель, автор книг «Борис Ельцин: от рассвета до заката» и «Мужской разговор». Награждён орденом «За личное мужество», медалями «В ознаменование 100-летия со дня рождения В. И. Ленина», «60 лет Вооружённых Сил СССР», «70 лет Вооружённых Сил СССР», «За безупречную службу», «Защитнику свободной России», почётной грамотой Тульской областной думы.

Личная жизнь

Первая жена — Ирина Семеновна (20.01.1950), имеет двоих дочерей — Галина (15.06.1973), Наталья (06.10.1978),

внук Ваня (сын Натальи)

Вторая жена Елена.

Убийство Владислава Листьева

Александр Литвиненко, бывший подполковник ФСБ, в своей книге «Лубянская преступная группировка» приводит ряд аргументов в пользу того, что Александр Коржаков был главным заказчиком в организации убийства Листьева.

Согласно Юрию Фельштинскому и Владимиру Прибыловскому, высшие офицеры КГБ/ФСБ Александр Коржаков и Александр Комельков организовали убийство Листьева руками Солнцевской братвы. Авторы подразумевают, что мотивом убийства было сокрытие кражи доходов от телерекламы и направления этих средств на кампанию выбора в президенты России Олега Сосковца. Авторы пишут, что Коржаков организовал покушение на Березовского и, после неудачной попытки, обвинил Березовского в убийстве Листьева.

Интересные факты

• В интервью СМИ Коржаков говорил, что у него есть дача в деревне Простоквашино. Так Коржаков называет в шутку деревню Молоково в Орехово-Зуевском районе Московской области, где у него есть загородный дом.
• Образ «главного телохранителя Ельцина» активно эксплуатировался во многих детективных сериях 1990-х годов, где он выведен под фамилиями «Коржиков», «Гончаков», «Коржов».
• Александр Коржаков помогает жителям сельского поселения Соболевское Орехово-Зуевского района Московской области, где у него расположен загородный дом. Так, за его средства была построена церковь в д. Молоково, сделана асфальтовая дорога, проведен газ2011. 24 января 2011 года он подарил Соболевской амбулатории автомобиль Renault Logan для осуществления работ фельдшеров2011.
• Воинское звание генерал-майор было присвоено после воинского звания майор.

Книги

• Коржаков А. В. Ближний круг «царя Бориса». — М.: Алгоритм, 2012. — 288 с. — (Спецхран. Сенсационные мемуары). — 3000 экз., ISBN 978-5-4444-0052-4