Работа над оперой по роману Пушкина привела к продолжительному «пушкинскому» периоду в творчестве Кржижановского, результатом которого стали несколько теоретических работ по теории литературы (например, «Искусство эпиграфа (Пушкин)», наброски «Словаря эпиграфов»). В середине 30-х годов из заказанного писателю предисловия к первому тому Собрания сочинений Уильяма Шекспира вырос «шекспировский» период творчества, во время которого написано множество статей и очерков о творчестве английского драматурга. В период 20-х — 40-х годов публиковал многочисленные статьи по истории и теории литературы и театра в газете «Советское искусство», журналах «Литературный критик», «Интернациональная литература» (для которого, в частности, было написано несколько статей о Бернарде Шоу) и других.

Основная литературная деятельность протекала в 1920—1930-е годы, когда Кржижановским написана бо́льшая часть своих прозаических произведений. Среди них — 5 повестей и 6 книг новелл. Кроме того, в 1925 году написаны уже упоминавшаяся повесть в очерках «Штемпель: Москва» и ряд очерков.

Несмотря на известность в издательских и театральных кругах Москвы, Кржижановскому практически не удавалось напечатать сколько-нибудь значительный объём своей прозы. Из теоретических работ отдельной брошюрой была лишь издана «Поэтика заглавий» (1931). Четырежды Кржижановский безуспешно пытался издать сборники новелл и повестей (например, повесть «Возвращение Мюнхгаузена» была принята к печати, однако вскоре была всё же отклонена издательством) и несколько раз, также безуспешно, предпринимал попытки поставить свои пьесы.

Отчаявшись увидеть изданными свои сочинения в хронологическом порядке, Кржижановский составлял свои новеллы в «книги», не оглядываясь на время написания отдельных вещей, что позволяло ему глубже подчеркивать их внутренние связи и переклички. Таким образом, все книги новелл писателя представляют собой логически завершенные произведения, подчиненные определённой внутренней идее.

В 1939 Кржижановского принимают в Союз писателей, что, однако, не изменило общей ситуации с трудностью издания произведений.

С 1940 года художественной прозы Кржижановский уже не писал, создав лишь два десятка очерков о Москве военного времени и зарабатывая на жизнь переводами стихов и польской прозы.

Умер писатель в Москве 28 декабря 1950 года, где находится его могила — неизвестно.

Широкая публикация текстов Кржижановского началась только с 1989 года. В 2001—2012 гг. в издательстве «Симпозиум» вышло первое русскоязычное Собрание сочинений в шести томах, охватившее практически всё художественное творчество писателя, большинство его теоретических работ о театре, драматургия и философские работы, а также часть переписки. Ранее издания различных собраний сочинений Кржижановского предпринимались в других странах.

Жена — актриса Анна Гавриловна Бовшек.

Характеристика творчества и основные произведения

С. Д. Кржижановский — преимущественно автор прозаических произведений малой и средней формы, а также статей и очерков по истории Москвы, истории и теории драматургии и театра, психологии сцены. Кроме того, он написал несколько киносценариев и либретто нескольких опер.

• По мастерству и богатству культурного фона интеллектуальная проза Кржижановского находилось на уровне современной ему европейской и мировой литературы. Критики и исследователи сравнивают его с Ф. Кафкой, Х. Л. Борхесом, А. Камю, Г. Гессе.
• Характерные для Кржижановского жанры: философская фантасмагория, притча, гротеск, сатира.
• Художественный метод Кржижановского — создание метатекста (коллажа из различных текстов), строящегося на цитатах, аллюзиях, на реинтерпретации (переосмыслении) в новом контексте образов, идей, устойчивых мифологем мировой культуры.
• Хорошо зная античную и средневековую философию, философию Канта, Лейбница и других философов Нового времени, Кржижановский художественно обыгрывает их идеи.
• Большое влияние на творчество Кржижановского оказали Шекспир, Э. Т. А. Гофман, Э. А. По, Свифт, и в своих произведениях он также обыгрывает и их сюжетные линии и образы.
• Кржижановский высоко ценил произведения Андрея Белого и Александра Грина.
• Важнейшие темы и образы: память, игра, город, книга, слово.
• Не входя ни в одну художественную группу, Кржижановский считал, что его метод ближе всего к имажинизму (по крайней мере, к имажинистскому лозунгу развития образности и образа).
• Теоретические работы Кржижановского по истории, теории и философии литературы и театра и психологии творчества органически связаны с его художественным творчеством. И там, и там писатель постоянно рефлексирует на темы мировой культуры и философии.
• В теоретических работах и художественных текстах эссеистического типа Кржижановский использует образы и идеи мировой культуры для осмысления современной ему действительности, в том числе советской.