Исправленные и дополненные издания «Невидимок» и его четвёртого романа «Уцелевший» были опубликованы в 1999 году, сделав Паланика культовой фигурой. Несколькими годами позже он создал свой первый бестселлер по версии «New York Times» — роман «Удушье». Благодаря этому следующие книги автора имели значительный успех. Это дало ему возможность организовать промотуры, во время которых он читал отрывки из своих новых, ещё неопубликованных произведений.

В 1999 году в жизни Паланика произошло событие, повлиявшее на его дальнейшее творчество. В этом году его отец Фред Паланик начал встречаться с женщиной по имени Донна Фонтэйн, с которой он познакомился через службу брачных объявлений. Эта женщина отправила своего бывшего бойфренда Дэйла Шеклфорда в тюрьму за изнасилование. Шеклфорд поклялся убить Фонтэйн, как только выйдет из тюрьмы. Чак Паланик был уверен, что через службу брачных объявлений Фонтейн искала «наисильнейшего человека, которого только можно найти», чтобы защититься от Шеклфорда, а отец Чака соответствовал данной характеристике. После освобождения Шеклфорд преследовал Фонтейн и Паланика-старшего до дома Донны, куда они возвращались после свидания. Шеклфорд застрелил Фреда Паланика и Донну Фонтэйн, отнёс их тела в дом Фонтэйн и поджёг его. Весной 2001 года Дэйла Шеклфорда признали виновным в двойном убийстве и приговорили к смертной казни. После этих событий Чак Паланик начал работу над книгой «Колыбельная». Сам автор утверждает, что писал этот роман для того, чтобы помочь разобраться самому себе, заслужил ли Шеклфорд смертный приговор.

Весной 2003 года Паланик дал интервью Карен Велби, корреспонденту журнала «Entertainment Weekly». Во время интервью Паланик часто упоминал о своём партнёре. До тех пор многие были уверены, что Паланик женат (некоторые СМИ уверяли, что у него есть супруга), когда на самом деле он жил со своим парнем. Позже Паланик утверждал, что Велби включила данную информацию в статью без его согласия. В ответ он разместил на своём веб-сайте наполненную негодованием аудиозапись, в которой лишь подтвердил свою гомосексуальность, а также в оскорбительных тонах отозвался о Велби и её родных. Однако тревога Паланика не имела под собой почвы, так как статья Велби не раскрывала ничего из его личной жизни, кроме того, что он не женат. Позже аудиозапись была удалена с его веб-сайта, из-за чего некоторые поклонники решили, что Паланик стыдится своей гомосексуальности. Как сказал Деннис Видмайер, администратор сайта, запись была удалена не из-за того, что там говорится о сексуальной ориентации писателя, а из-за нелицеприятных высказываний в адрес Велби. После этого писатель разместил на своём сайте новую аудиозапись, в которой просил своих поклонников не обращать внимания на прошлое событие. Он также извинился за своё поведение, сознавшись, что жалеет о содеянном. Сейчас Паланик — открытый гей, и он и его безымянный партнёр, согласно биографическому очерку и интервью в The Advocate в мае 2008 года, живут в «старом церковном строении на окраине американского городка Ванкувер».

«Кишки» и последующие произведения

В 2003 году у Паланика выходит новая книга — «Дневник» (сюрреалистичный роман. В рамках промотура своего нового произведения Паланик прочитал аудитории небольшое произведение «Кишки» — рассказ про несчастные случаи во время мастурбации, который потом был включён в его книгу «Призраки». История начинается со слов автора, говорящего своим слушателям, чтобы те глубоко вдохнули, задержали дыхание и не дышали на протяжении всего рассказа («история продолжается до тех пор, пока вы можете не дышать»). Сообщалось, что во время публичного чтения 35 человек потеряли сознание из-за нехватки воздуха вследствие длительной задержки дыхания (хотя возможно, большинство из них, будучи поклонниками Паланика, лишь сделали вид, что лишились чувств).