Продолжение первого романа, «Гарри Поттер и Тайная комната», было опубликовано в июле 1998 года. За него Роулинг снова получила премию Smarties. В декабре 1999 года вышел третий роман, «Гарри Поттер и узник Азкабана», который тоже выиграл в премии Smarties, после чего Роулинг стала первым человеком, который получил эту награду три раза подряд. Позже она отозвала с конкурса четвёртый роман о Гарри Поттере, чтобы дать шанс другим книгам. В январе 2000 года «Узник Азкабана» выиграл премию Whitbread Awards как «детская книга года», хотя и проиграл в номинации «книга года» переводу «Беовульфа» Шеймуса Хини.

Четвёртая книга, «Гарри Поттер и Кубок огня», была выпущена одновременно в Великобритании и США 8 июля 2000 года и побила рекорды продаж в обеих странах. 372 775 экземпляров книги было продано в Великобритании в первый же день — почти столько же экземпляров предыдущего романа было продано в течение первого года. В США было продано три миллиона экземпляров книги в первые 48 часов, что побило все рекорды продаж. Роулинг призналась, что у неё был момент кризиса во время написания романа; «На полпути написания четвёртой книги я обнаружила в сюжете серьёзную ошибку… С этой книгой связаны некоторые из моих самых чёрных моментов… Одну главу я переписала 13 раз, хотя никто, кто прочитал её, не сможет заметить, какую именно, или понять, какую боль она мне доставила». Роулинг получила премию British Book Awards как автор года.

Между выпуском «Кубка огня» и пятого романа, «Гарри Поттер и Орден Феникса», прошло три года. Во время этого перерыва в прессе публиковались слухи, что у Роулинг начался творческий кризис, что она горячо отрицала. Позже Роулинг признавалась, что написание этой книги потребовало от неё больших усилий.

Шестая книга, «Гарри Поттер и Принц-полукровка», была выпущена 16 июля 2005 года. Она тоже побила все рекорды продаж, разойдясь в количестве девяти миллионов экземпляров за первые 24 часа. Перед выпуском книги в ответе на письмо от одного из поклонников Роулинг написала: «Шестая книга планировалась в течение многих лет, но, прежде чем я серьёзно начала писать, я провела два месяца, пересматривая план, чтобы быть абсолютно уверенной в том, что я делаю». Она отметила на своём сайте, что первая глава шестой книги, в которой описывается разговор между министром магии и британским премьер-министром, сначала задумывалась как первая глава «Философского камня», затем «Тайной комнаты», затем «Узника Азкабана». В 2006 году «Принц-полукровка» получил премию British Book Awards в номинации «книга года».

В конце декабря 2006 года было объявлено название седьмой и последней книги о Гарри Поттере — «Гарри Поттер и Дары Смерти». В феврале 2007 года стало известно, что Роулинг написала на бюсте в своём гостиничном номере в The Balmoral в Эдинбурге, что она закончила седьмую книгу в этой комнате 11 января 2007 года. Роман «Гарри Поттер и Дары смерти» был выпущен 21 июля 2007 года и побил рекорд своего предшественника как наиболее быстро продаваемая книга всех времён. В первый день в Великобритании и в США было продано 11 миллионов экземпляров. Последнюю главу книги Роулинг написала «где-то в 1990 году».

Когда она ещё работала над последней книгой, она снялась в документальном фильме «J K Rowling… A Year In The Life», который был показан в Великобритании на ITV 30 декабря 2007 года. В нём Роулинг посетила свою старую квартиру в Эдинбурге, где она закончила свою первую книгу о Гарри Поттере. Впервые вернувшись в эту квартиру, она растрогалась до слёз, сказав, что «именно здесь я действительно полностью повернула мою жизнь».