В «Ответе синоду» Лев Толстой подтвердил свой разрыв с церковью: «То, что я отрёкся от церкви, называющей себя православной, это совершенно справедливо. Но отрёкся я от неё не потому, что я восстал на Господа, а напротив, только потому, что всеми силами души желал служить ему». Толстой возражал против предъявленных ему в определении синода обвинений: «Постановление Синода вообще имеет много недостатков. Оно незаконно или умышленно двусмысленно; оно произвольно, неосновательно, неправдиво и, кроме того содержит в себе клевету и подстрекательство к дурным чувствам и поступкам». В тексте «Ответа синоду» Толстой подробно раскрывает эти тезисы, признавая ряд существенных расхождений между догматами Православной Церкви и его собственным пониманием учения Христа.

Синодальное определение вызвало возмущение определённой части общества; в адрес Толстого шли многочисленные письма и телеграммы с выражением сочувствия и поддержки. В то же время, это определение спровоцировало поток писем и от другой части общества — с угрозами и бранью.

В ноябре 1909 года он записал мысль, которая указывала на его широкое понимание религии:

«Я не хочу быть христианином, как не советовал и не хотел бы, чтобы были браманисты, буддисты, конфуционисты, таосисты, магометане и другие. Мы все должны найти, каждый в своей вере, то, что общее всем, и, отказавшись от исключительного, своего, держаться того, что обще».

В конце февраля 2001 года правнук графа Владимир Толстой, управляющий музеем-усадьбой писателя в Ясной Поляне, направил письмо к Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II с просьбой пересмотреть синодальное определение. В ответ на письмо в Московском Патриархате заявили, что решение об отлучении Льва Толстого от Церкви, вынесенное ровно 105 лет назад, пересмотреть невозможно, так как (по словам секретаря по взаимоотношениям Церкви Михаила Дудко), это было бы неправильным в отсутствии человека, на которого распространяется действие церковного суда. В марте 2009 года Владимир Толстой выразил своё мнение о значении синодального акта: «Я изучал документы, читал газеты того времени, знакомился с материалами общественных дискуссий вокруг отлучения. И у меня возникло ощущение, что этот акт дал сигнал к тотальному расколу российского общества. Раскололись и царствующая семья, и высшая аристократия, и поместное дворянство, и интеллигенция, и разночинские слои, и простой люд. Трещина прошла по телу всего русского, российского народа».

Уход из Ясной Поляны, смерть и похороны

В ночь на октября года Л. Н. Толстой, выполняя своё решение прожить последние годы соответственно своим взглядам, тайно покинул навсегда Ясную Поляну в сопровождении лишь своего врача Д. П. Маковицкого. При этом у Толстого не было даже определённого плана действий. Своё последнее путешествие он начал на станции Щёкино. В тот же день, пересев на станции Горбачёво в другой поезд, доехал до станции Козельск, нанял ямщика и направился в Оптину Пустынь, а оттуда на следующий день — в Шамординский монастырь, где Толстой встретился со своей сестрой, Марией Николаевной Толстой. Позднее в Шамордино тайно приехала дочь Толстого Александра Львовна.

Утром 31 октября (13 ноября) Л. Н. Толстой и сопровождающие отправились из Шамордино в Козельск, где сели в уже подошедший к вокзалу поезд № 12, следующий в южном направлении. Билетов при посадке купить не успели; доехав до Белёва, приобрели билеты до станции Волово. Сопровождавшие Толстого позже также свидетельствовали, что определённой цели у путешествия не было. После совещания решили ехать к его племяннице Е. С. Денисенко, в Новочеркасск, где хотели попытаться получить заграничные паспорта и затем ехать в Болгарию; если же это не удастся — ехать на Кавказ. Однако по дороге Л. Н. Толстой простудился и заболел крупозным воспалением лёгких и вынужден был в тот же день выйти из поезда на первой большой станции рядом с населённым пунктом. Этой станцией была Астапово (ныне Лев Толстой, Липецкая область).