В 2006 году на экраны выходит фильм Резо Гигинеишвили ЖАRА, первый кино-проект производства компании Art Pictures Studio (руководство которой Бондарчук осуществляет совместно с продюсером Дмитрием Рудовским). В рамках него Фёдор выступает в качестве продюсера, а также исполняет одну из ролей. Малобюджетный молодежный фильм собрал в прокате $ 16,5 миллионов, став самым рентабельным российским кинопроектом года.

В том же 2006-м Фёдор Бондарчук получает от Бориса Стругацкого одобрение и права на экранизацию фантастической повести братьев Стругацких «Обитаемый остров». Фильм снимали 222 дня, решено было разделить его на две части. «Обитаемый остров» и «Обитаемый остров: Схватка» выходят в широкий прокат в 2009 году. Производством и дистрибуцией картины также занималась Art Pictures Studio. Сам Фёдор Бондарчук предстал в проекте в качестве режиссёра, продюсера и исполнителя одной из главных ролей.

В 2007 году Бондарчук играл в фильмах: «Тиски», «Артистка», «Я остаюсь», «Семь кабинок», «18-14».

В 2008—2009 годах помимо работы над дилогией «Обитаемый остров», Бондарчук снимается в проектах «Самый лучший фильм 2» (2009) и «Адмиралъ» (2008).

В том же 2008 году начинается работа над реализацией масштабного проекта по созданию крупного кино-комплекса Главкино, открытие которого запланировано на 2012 год.

В 2010 году на экраны выходят сразу несколько фильмов с участием Фёдора Бондарчука: «Фобос. Клуб страха», сериал «Лектор», «Псевдоним для героя», «ПираМММида», «Про любоff», «Москва, я люблю тебя!».

Настоящее время

В 2011 году состоялась премьера кино-истории Авдотьи Смирновой «Два дня», за главную роль в которой Бондарчук впоследствии получил премию «Золотой Орёл». Кроме того, он принимает участие в съёмках фильма «Свадьба по обмену» и теле-экранизации романа Михаила Булгакова «Белая Гвардия», где играет роль Шполянского.

В 2012 году в свет выходит первый проект студии «Главкино» — «Август. Восьмого», продюсированием которого занимался Фёдор Бондарчук.

В апреле 2012 на экраны выходит экранизация книги Бориса Акунина «Шпионский роман» — фильм «Шпион», в котором Фёдор Бондарчук исполнил одну из главных ролей.

В апреле 2012 года состоялась премьера киноальманаха «Некуда спешить», приуроченного к старту одноимённой широкомасштабной социальной кампании. Это совместный проект Госавтоинспекции МВД России и пяти известных режиссёров российского кинематографа, в числе которых: Фёдор Бондарчук, Пётр Буслов, Владимир Котт, Александр Лунгин, Сергей Осипьян, Борис Хлебников. Кинолента представляет собой пять новелл, каждая из которых — самостоятельный фильм. В проекте также приняли участие звёзды российского театра и кино: Оксана Акиньшина, Людмила Аринина, Сергей Бадюк, Владимир Вдовиченков, Серафима Огарёва, Сергей Пускепалис, Ксения Раппопорт, Алиса Хазанова, Пётр Фёдоров, Мария Шалаева. По поводу проекта Бондарчук говорил: «Необходимо менять культуру людей, причём не с помощью формальных фраз и шаблонной агитации, а такими способами как кино».