В 1993 году Михалков выпустил фильм «Анна. От 6 до 18», рассказывающий о жизни его дочери Анны. В 1994 году снял фильм «Утомлённые солнцем». Фильм получил множество наград, включая Гран-при Каннского кинофестиваля и «Оскар» за лучший иностранный фильм.

В 1998 году Никита Михалков избран председателем правления Союза кинематографистов России.

В 1999 году вышел фильм «Сибирский цирюльник».

Михалков как актёр, генеральный продюсер и художественный руководитель (от студии ТриТэ) принимал участие в фильме «Статский советник» (2005; режиссёр-постановщик Филипп Янковский).

В 2007 году Никита Михалков получил награду — «Специальный лев» 64-го Венецианского кинофестиваля за фильм «12» и вклад в киноискусство.

Союз кинематографистов России в декабре 2008 года не избрал Михалкова делегатом на свой VII съезд. В ответ Михалков назвал несколько сотен делегатов Съезда кинематографистов России «театром лилипутов». Поскольку несколько членов Союза заявили о нелегитимности голосования (так как из 567 делегатов 184 отсутствовали), а Минюст России предупредил о возможном отказе в регистрации его итогов, вопрос о Председателе Союза остался открытым. В итоге Союз оказался под угрозой закрытия. Сторонники Михалкова (актёр Василий Ливанов, режиссёр Владимир Наумов, директор Госфильмофонда Николай Бородачёв и кинорежиссёр Клим Лаврентьев) подали иск о нелегитимности итогов VII съезда Союза. В ответ новоизбранные руководители Союза отправили 3 письма в Московскую и Пресненскую прокуратуры и в управление по борьбе с экономическими преступлениями ГУВД с требованиями расследовать экономическую деятельность Михалкова на посту председателя правления Союза кинематографистов России. 17 марта Пресненский суд Москвы признал итоги VII съезда СК незаконными.

Награды и достижения

Ордена и почётные звания

• Народный артист РСФСР (1984)
• Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени (21 октября 2005) — за выдающийся вклад в развитие отечественной культуры и искусства, многолетнюю творческую деятельность
• Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (17 октября 1995) — за заслуги перед государством, большой личный вклад в развитие киноискусства и культуры
• Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (21 октября 2010) — за большой вклад в развитие отечественного кинематографического искусства, многолетнюю творческую и общественную деятельность
• Кавалер Большого креста ордена «За заслуги перед Итальянской Республикой» (2004)
• Командор ордена Почётного легиона (1994)
• Офицер ордена Почётного легиона (1992)
• Орден преподобного Сергия Радонежского I степени (РПЦ)
• Почётный член Российской академии художеств

Общественные достижения

• в 1978 году стал лауреатом премии Ленинского комсомола
• член Президиума Всемирного Русского собора (1995 год)
• член Комиссии России по делам ЮНЕСКО
• сопредседатель Совета Российского Земского Движения. Никита Михалков имеет почётную степень доктора наук Международной академии наук и искусств
• 30 октября 1995 года ректор МГУ Виктор Садовничий вручил Никите Михалкову почётный знак Московского государственного университета
• 10 февраля 2004 года награждён премией Витторио де Сика
• 2 июня 2005 года отмечен призом XVI ОРК «Кинотавр» «За личный вклад в развитие кинематографа»
• 12 июля 2005 года отмечен призом II Международного кинофестиваля «Золотой Абрикос» (Ереван) «За вклад в мировой кинематограф».
• в 2005 году удостоен Гран-при национальной премии «Россиянин года» (Российская Академия бизнеса и предпринимательства
• 16 сентября 2005 года назван «Человеком года в кинобизнесе» по итогам IV Национальной премии в области кинобизнеса (Киноэкспо-2005)