«Могучий Джо Янг» провалился в прокате, однако критики отметили игру Терон, и она продолжала быть востребованной в Голливуде. В 1999 году актриса сыграла главную роль в фильме «Жена астронавта», в то время как самого астронавта воплотил на экране Джонни Депп. Его персонаж возвращался на Землю в состоянии комы после перенесённой в космосе тяжёлой аварии, причём по выходе из этого состояния характер его изменился в худшую сторону — астронавт стал скрытным и странным, при том, что никто не желал верить подозрениям героини Терон, пытавшейся предупредить об этом.

Следующей была роль в фильме Лассе Халлстрёма «Правила виноделов», где также снялся Тоби Макгуайр, сыгравший молодого помощника доктора — управляющего сиротским приютом, в то время как роль сомнительной репутации доктора исполнил Майкл Кейн. Этот доктор занимался нелегальными абортами, и за его услугами обратились персонаж Пола Радда и его жена, которую играла Терон. Макгуайр, очарованный молодой и свободомыслящей женщиной, покинул доктора и нанялся на работу на яблочную ферму, принадлежавшую её мужу. Когда же тот отправился на Вторую мировую войну, заскучавшая героиня завела роман со своим молодым помощником, однако, в конце фильма тот предпочёл вернуться в сиротский приют.

в 2008 год 

Далее Терон сыграла в фильме «Азартные игры». Здесь её партнёром выступил Бен Аффлек, исполнивший роль заключённого, чей сокамерник состоял в переписке с Шарлиз. После своего освобождения Аффлек, украв документы сокамерника, встретился с ней, не подозревая, что на самом деле ей всего лишь требовалась информация о казино, в котором работал сокамерник. Фильм был прохладно встречен критикой, но позволил Шарлиз немного разнообразить амплуа — от сладких мелодрам до жёстких триллеров. Продюсер фильма Харви Вайнштейн был против участия Терон в фильме, так как считал её слишком красивой для подобной роли, но позднее изменил своё мнение и даже переписал сценарий, значительно увеличив её первоначальную роль.

В фильме «Ярды» герой Марка Уолберга вышел из тюрьмы и вступил в банду своего друга Хоакина Феникса. Банда с помощью подкупа, угроз и насилия пыталась вынудить власти передать ей контракт на строительство ветки метро, в то время как Уолберг попал под подозрение по делу об убийстве. Шарлиз в этом фильме сыграла его наркозависимую подружку. Это была мрачная и депрессивная роль, но она стала для актрисы хорошей школой.

В фильме «Военный ныряльщик» Шарлиз досталась роль жены Роберта де Ниро, в то время как Кьюба Гудинг сыграл роль Карла Брошира, первого негра — военного ныряльщика в ВМФ США. Муж героини Шарлиз страдал хроническим алкоголизмом, что отрицательно сказывалось, среди прочего на его семейной жизни. Роль Шарлиз была второстепенной и не влияла на сюжет. Далее актриса приняла приглашение на главную роль в фильме «Легенда Баггера Ванса» Роберта Редфорда, действие которого происходило во времена Великой Депрессии в Джорджии. Сюжет строился как рассказ о человеке, оказавшемся на грани разорения из-за того, что вложил все свои деньги в строительство гольф-клуба. Терон играла его дочь, пытавшуюся спасти дело отца, организовав соревнование между легендами гольфа Бобби Джонсом и Уолтером Хейгеном, в то время как последний никак не мог отделаться от мучительных воспоминаний, связанных с его участием в Первой мировой войне. Героиня Шарлиз убедила руководство города принять турнир и заставила героя Мэтта Деймона забыть о посттравматическом стрессе.