В серии игр Silent Hill часто используется так называемая «туалетная тема». В Silent Hill 3 первый раз альтернативный мир начинает проявлять себя после того, как главная героиня посещает дамскую комнату. Разработчики поясняют, что это связано с японской «страшилкой», призванной пугать детей. Согласно этой истории, ребёнок, провалившийся в дыру туалета, не может из неё выбраться и бесследно исчезает. Это является своего рода посылом как к японским обычаям вообще, так и к традициям серии в частности.

Красный цвет является доминирующим в Silent Hill 3. Он символизирует кровь и наиболее наглядно демонстрируется в момент пробуждения Хизер в торговом центре. Закатный свет, льющийся в тот момент из окна, гораздо ярче, чем он может быть в реальности. Вдохновением для этой сцены послужила сама природа — именно осенью в Токио у неба во время заката красноватый оттенок. Другим немаловажным цветом был оранжевый, обозначающий пламя.

Влияние

Как и на всю классическую линейку игр Silent Hill, наибольшее воздействие на Silent Hill 3 оказал фильм «Лестница Якова». Одна из станций в метро в игре носит название Берген Стрит, что дублирует название станции из киноленты. Также встречаются отсылки к ряду художественных фильмов, среди них: «{{iw|Девятая сессия||en|Session 9}}» {{iw|Андерсон, Брэд (режиссёр)|Брэда Андерсона|en|Brad Anderson (director)}}, «Суспирия» Дарио Ардженто, «Новая надежда» Джорджа Лукаса, «Голова-ластик» Дэвида Линча, «{{iw|Подменыш (фильм)|Подменыш|en|The Changeling (film)}}» Питера Медака, «Кладбище домашних животных» Мэри Ламберт, «В пасти безумия» Джона Карпентера, «Звонок» Хидэо Накаты, «Пятый элемент» Люка Бессона, аниме-сериал «Сейлор Мун» и ряд других{{rp|75}}. Существует и обратное влияние Silent Hill 3 на синематограф, в частности на первую экранизацию — «Сайлент Хилл» режиссёра Кристофа Гана. В проекте представлены три прямые игровые отсылки — одна приводит к видеоигре Metal Gear Solid, другая — к серии Resident Evil, третья — к аркаде Pac-Man, хотя встречаются и опосредованные на Max Payne и American McGee’s Alice.

Разработчики также отметили, что одним из писателей, оказавших влияние на видеоигру, был романист, работающий в жанре ужасов, — Стивен Кинг; в частности, его произведения «Туман» из сборника «Команда скелетов» и «Кэрри». Среди других работ создатели особо выделяют «{{iw|Фантомы (роман)|Фантомы|en|Phantoms (novel)}}» и «{{iw|Дверь в декабрь||en|The Door to December}}» Дина Кунца, «Тоно Моногатари» фольклориста Кунио Янагита, «Инугами» и «Сикоку» Масако Бандо, «Жало» Роберта Маккамона, «Человек-ящик» авангардиста Кобо Абэ, «Чёрный кот» Эдгара По. В игре встречаются аллюзии и на классические сказки: «Алису в Стране Чудес» Льюиса Кэрролла, «Золушку» Шарля Перро, «Удивительного волшебника из страны Оз» Фрэнка Баума, «Белоснежку» братьев Гримм и «Матушку Гусыню». Одну из сказок, «Чудовище и волшебница», создатели придумали сами. Кроме того, затронута и более «взрослая» литература за авторством Шекспира — «Гамлет», «Ромео и Джульетта», «Король Лир», «Отелло» и «Макбет». Драматичность, характерная для этих трагедий, имеет прочную связь с тематикой игры.