В зависимости от выбора игрока, Сэм или Грим убивает Рида. Если Рида убивает Грим, она просит Сэма вернуться в Третий Эшелон и уверяет его, что он единственный человек, которому она может доверять, но Сэм прощается и уходит.

Допрос Виктора этим и заканчивается (становится известно, что людьми, допрашивающими его, являются сотрудники «Черной Стрелы»), и он говорит, что Сэм как-то сказал ему, что нужно возвращаться за теми, кого ты любишь, за теми, кто твоя семья. Виктор многозначительно отмечает, что Сэм любит его «как брата, а брат — значит семья». Через несколько секунд после того, как он произносит эти слова, происходит взрыв, начинается стрельба, а Виктор говорит, что он так и думал, оставляя игроку полагать, что здание штурмует Сэм Фишер.

В конце кооператива в самолёте, Том Рид связывается с Арчером, и даёт приказ убить Кестрела, Кестрел об этом узнаёт, и идёт к Арчеру. Кестрел убивает Арчера, или наоборот. Тот, кто остаётся живым, потом будет убит Андреем Кобином.

Миссии

• Мальта, Валетта, Уличный рынок
• Мальта, Валетта, Особняк Андрея Кобина
• США, штат Вирджиния, Олд Таверн, Аэродром Прайс
• Ирак, Дивания, Шоссе смерти
• США, округ Колумбия, Вашингтон, Монумент Вашингтона
• США, округ Колумбия, Вашингтон, Лаборатории «Белый ящик»
• США, округ Колумбия, Вашингтон, Мемориал Линкольна
• США, округ Колумбия, Вашингтон, Штаб-квартира Третьего эшелона
• США, округ Колумбия, Вашингтон, Резервуар на Мичиган-авеню
• США, округ Колумбия, Вашингтон, В городе
• США, округ Колумбия, Вашингтон, Белый Дом

Кооперативный режим:

Санкт-Петербург, баня

• Подходный канал
• Баня
• Логово зла
• Гараж

Посольство России

• Консульский отдел
• Общественное здание
• Крыша

Комплекс «Ястреб»

• Бомбоубежище
• Архив
• Хранилище
• Арсенал

Аэропорт Моздок

• Склад
• Техническое помещение
• Лаборатории
• Подъемник

Вне командной кампании:

• Лесопилка
• Печатный станок
• Третий эшелон

Геймплей

Mark and Execute — позволяет сначала отметить всех находящихся в поле зрения противников, а затем убить их. Число одновременно выставляемых отметок зависит от оружия игрока (максимальное количество имеет пистолет FN Five-seveN, однако в конце одной из миссий можно ставить шесть меток независимо от оружия). После маркировки над целью появляется красная или белая точка, в зависимости от того, возможно ли убить цель. Если маркер красный, то возможность убить цель есть, если белый — нет. Однако после показа этой функции, многие стали говорить что игра станет слишком лёгкой, на что вскоре продюсер игры, Александр Паризо ответил следующим заявлением:

Desaturate Color — пока игрок находится в тени, графика становится менее насыщенной — только враги и интерактивные объекты остаются окрашенными. Границы экрана темнеют для пущего эффекта. А когда игрок выходит из тени, все снова становится цветным.

Projected Mission Objectives — Вместо привычного OPSAT в предыдущих частях, теперь задания, заметки, эмоциональное состояние героя и т. д. проецируется на стенах уровня, автоматически или при нажатии соответствующей кнопки. Более того, при проведении допросов, можно увидеть картинки или короткие видеоролики, также проецируемых на стенах по типу проектора.

Cover Fire — Главный герой активно использует укрытия, при ведении огня или при разведке, при инициации функции «Mark and Execute». Схожая система ведения огня из укрытий использована в играх Tom Clancy’s Rainbow Six: Vegas, Gears of War и др.