Нэйт и Салли следуют за Флинном и его боссом Зораном Лазаревичем (Graham McTavish), сербским преступником, о котором ходят слухи, что он погиб на Борнео. С помощью Хлои, которая работает «кротом» в лагере Лазаревича, они узнают, что на затонувшем флоте никогда не было камня Чинтамани. Они обнаруживают гробницу, в которой находятся тела пассажиров, а также находят тибетский кинжал Пхурбу и письмо, в котором Поло говорит, что следующий ключ находится в храме в Катманду, Непал. Вскоре Флинн со своими людьми появляются в гробнице и забирают письмо, а Нэйт и Салли сбегают, спрыгнув со скалы в реку.

Хлоя и Нэйтан отправляются в Непал и обнаруживают, что армия Лазаревича разрушает город, пытаясь найти нужный храм. Предполагая что храм, который они ищут, украшает символ Пхурбу, они обследуют местность с крыши местной гостиницы и находят его.

По пути в храм Нэйт и Хлоя сталкиваются с Еленой Фишер (Emily Rose) и её оператором Джеффом (Gregory Myhre), которые выслеживали Лазаревича, чтобы доказать, что он всё ещё жив. Вчетвером они добираются до храма и узнают, что камень и Шамбала находятся в Гималаях. Собравшись уходить, они попадают в засаду, где Джеффа ранит один из солдат Лазаревича. Несмотря на заявления Хлои оставить Джеффа, группа несёт его, пока их не ловят Лазаревич и его люди. Хлоя наводит пистолет на Нэйта, чтобы сохранить своё прикрытие, а Лазаревич убивает Джеффа. Хлоя и Лазаревич садятся на поезд и уезжают. Нэйт и Елена догоняют поезд Лазаревича на украденном джипе. Нэйт запрыгивает на поезд и находит Хлою, но та отказывается уходить с ним, из-за того, что он взял Елену и Джеффа с собой. В это время появляется Флинн и стреляет Нэйтану в живот. Нэйту ничего не остаётся кроме как выстрелить в газовые балоны. Взрыв уничтожает людей Флинна, и половина поезда, вместе с Дрейком, падает с высокой скалы.

Действие игры возвращается к тому месту, где игра началась. Нэйт выбирается из поезда и идёт через снежную бурю. Он успевает найти Пхурбу перед тем как падает без сознания. Он просыпается в тибетской деревне, где он встречает Елену. Она представляет ему немца по имени Карл Шефер (Rene Auberjonois). Шефер говорит Нэйту, что Пхурбу является ключом к поиску Шамбалы, но Нэйт говорит ему, что его это больше не интересует. Чтобы убедить его в обратном, Шефер посылает Нэйтана и главу деревни Тэнзина (Robin Atkin Downes), чтобы найти останки людей из его экспедиции, искавшей Шамбалу 70 лет назад. Пробравшись через несколько пещер древнего храма, заполненных странными существами, Нэйт и Тэнзин обнаружили, что люди Шефера были членами СС экспедиции Аненербе, и что Шефер убил их, чтобы защитить мир от силы камня. Возвратившись в деревню, они обнаруживают людей Лазаревича, которые напали на деревню. Защитив деревню, Нэйт с Еленой узнают, что Шефер похищен вместе с кинжалом. Они отслеживают конвой Лазаревича, направляющийся к заброшенному монастырю. Вместе они находят смертельно раненого Шефера, который говорит Нэйту, что он должен уничтожить камень. Затем Шефер умирает от полученных ран.

Нэйт находит Хлою, и она отдаёт ему Пхурбу после того как он обещает убить Лазаревича. Нэйт и Елена используют Пхурбу, чтобы открыть секретный проход в Шамбалу под монастырём, но в это время появляется Лазаревич. Он приказывает Нэйту открыть ворота. Когда ворота открываются, на них нападают монстры из ледяных пещер, но Лазаревичу удаётся убить их. Выясняется, что эти монстры на самом деле люди, охраняющие Шамбалу; они получают силу от камня Чинтамани и одеваются как монстры, чтобы отпугнуть любого, кто вторгнется в их город. Лазаревич собирается убить Нэйта и Елену, но в это время появляется новая волна монстров, и им вместе с Хлоей удаётся сбежать.