Как и в Dune 2, существует три главных играемых фракции — Дом Атрейдес, Дом Харконнен и Дом Ордос. Есть также четыре неиграемых подфракции: Дом Коррино, Фремены, Наёмники и Контрабандисты.

• Дом Атрейдес

Родом с водной планеты Каладан, Атрейдесы лояльны своему Герцогу и следуют его поручениям. Герцог также может заключить союз с Фременами, воинами пустынь Дюны. В военном плане Атрейдесы — «золотая середина». Цвет — синий.

• Дом Харконнен

Им управляет Барон и его родина планета Гьеди Прайм. Харконнены — главные противники рода Атрейдес. В военном деле Харконнены полагаются на военную мощь своих войск. Цвет — красный.

• Дом Ордос

Ордосы происходят из холодной, покрытой льдом планеты, Сигма Драконис IV. Богатство Ордосов, сделанное на торговле, сделало их параноиками. В отличие от других двух домов, Дом Ордос не упомянут ни в одном из романов Дюны; тем не менее, Ордосы упомянуты в неканонической «Энциклопедии Дюны». Ордосы полагаются на внезапность и манёвренность в военном деле. Цвет — зелёный.

• Дом Коррино

Войска Императора Фредерика Коррино IV на Дюне. Аналогичны войскам Харконненов, за исключением танка «Опустошитель» и Дворца Харконненов, которые строить нельзя. Дворец Императора позволяет создавать элитную имперскую пехоту — Сардукаров. В кампании войска Императора всегда противостоят игроку, независимо от выбранной им фракции. Цвет — фиолетовый.

• Наёмники

О наёмниках в игре нет практически никакой информации. Вероятно, они готовы сражаться за любую из сторон за деньги (впрочем, бывают и исключения). Войска наёмников полностью аналогичны войскам Ордосов; однако, наёмники не могут строить Девиатор. В кампании Ордосов наёмники оказывают помощь игроку в последних трёх миссиях (но разрывают союз, если несут большие потери); также, в предпоследней миссии кампании Харконненов наёмников можно вынудить сражаться на стороне игрока, захватив их завод тяжёлой техники. В кампании Атрейдесов наёмники, враждебные игроку, появляются в пятой и в одном из вариантов шестой миссии. Цвет — жёлтый.

• Контрабандисты

Вероятно, занимаются добычей пряности и нелегальными поставками военной техники. В военном плане аналогичны наёмникам. В большинстве миссий кампании нейтральны, занимаются только добычей пряности. Однако, в четвёртой миссии за Ордосов и в шестой за Атрейдесов у контрабандистов, противостоящих игроку, есть полнофункциональные базы военного назначения. Цвет — коричневый.

• Фремены

Коренные жители Дюны, воины пустыни. В кампании представлены, как правило, особыми пехотными подразделениями — фременами, аналогичными призываемым во Дворце Атрейдесов, но лишенными невидимости, и сьетчами — убежищами фременов в горах Дюны. Уникальность в том, что это единственный малый дом, имеющий спец оружие, как у Атрейдесов - "Орнитоптеры". Им так же доступен Звуковой танк Атрейдесов. Цвет — серый. В игре на стороне игрока выступают 1 раз — в 4 миссии за Атрейдесов.

Геймплей

В игре игрок может взять под свой контроль один из трёх домов, во главе которого он и должен бороться за контроль над пряностью на планете Арракис, или Дюне. Игрок собирает пряность для получения «солярий», валюты в игре, использующейся для производства боевых единиц.

Как и в большинстве стратегий реального времени, карта игры сначала покрыта туманом войны, за исключением территорий, на которых находятся боевые единицы игрока. Поскольку единицы исследуют карту, темнота постепенно исчезает.