В битве Пандавы, поддержанные Кришной, победили, но ради победы неоднократно прибегали к коварным уловкам (убийство их деда Бхишмы, наставника Дроны, их родича праведного Бхуришраваса, племянника Гхатоткачи, их брата Карны и кузена Дурьодханы). Все Кауравы и их сыновья пали на поле боя (кроме их сводного брата Юютсу, перешедшего на сторону Пандавов), но и победоносные Пандавы потеряли всех сыновей и родичей. После победы старший Пандава царь Юдхиштхира, раскаиваясь в учинённом кровопролитии, хотел оставить царство и удалиться в лес для жизни отшельника, но под давлением уговоров божественных мудрецов и родичей (книги XII и XIII) об исполнении долга царя (раджадхармы) правил тридцать шесть лет (книги XIV и XV), не переставая осуждать себя за истребление родичей и друзей. Первые пятнадцать лет Юдхиштхира правит, воздавая почести и формально признавая главенство старого царя. Не в силах снести укоров и ненависти второго из братьев-Пандавов могучего и неукротимого Бхимасены, Дхритараштра удаляется в лес в сопровождении жены, советника и матери Пандавов Кунти. Последние двадцать лет Юдхиштхира правит царством самостоятельно. На склоне лет Пандавы вместе с общей женой Драупади оставляют царство и направляются в Гималаи, в пути умирают и возносятся на небо (книги XVII и XVIII). Собственно эпический сюжет занимает меньше половины объёма «Махабхараты», возможно дополнявшейся на протяжении столетий вставными новеллами и притчами на мифологические и религиозно-философские темы (некоторые учёные считают примером подобной поздней вставки «Бхагавад-гиту»). «Бхагавад-гита» — наиболее известная часть «Махабхараты» и важное священное писание индуизма (особенно вайшнавизма), многими почитаемое как одна из Упанишад («Гита-упанишада»).

Центральным эпическим героем «Махабхараты» следует признать Карну. Карне открыт замысел Кришны о необходимости битвы на Курукшетре для истребления кшатриев и воплотившихся в них демонов. По мнению Кришны, без участия Карны битва бы не состоялась. Кроме того, именно с его гибелью на Курукшетре поражение Кауравов становится неизбежным, a также завершается Двапара-юга и начинается Кали-юга, о чём свидетельствуют космические катаклизмы. Описанию гибели Карны сказание уделяет больше места, чем чьей-либо другой, включая божественного Кришну, а его оплакиванием завершается батальная часть центральной фабулы о вражде Пандавов и Кауравов.

Ученые XIX и XX веков, применяя к «Махабхарате» традиционные героико-эпические мерки, которым она не вполне соответствует (в том числе ввиду наличия своеобразной этической шкалы ценностей — нравственная тенденция авторов, помимо прочего, привела к принципиальной перестройке эпоса), полагали, что произведение является довольно хаотичным, непоследовательным и аморфным; в особенности критика подобного рода относилась к композиции поэмы. Основному сюжету уделяется не так много внимания — примерно четверть от общего объема; остальное — это разнообразные вставные эпизоды, длина которых порой существенно варьируется, причем содержание указанных эпизодов местами не имеет отношения к главной сюжетной линии. Этим произведение отличается от многих других древних эпосов, в которых внимание, как правило, сосредоточено именно на развитии основных событий.

В числе отступлений, имеющихся в «Махабхарате», наличествуют мифы о божествах, мироздании и происхождении жизни, легенды о древних героях (которые порой приобретают характер своего рода «эпоса в эпосе»), притчи, басни, другие фольклорные формы и жанры, а также фрагменты религиозного, философского и правового содержания. В итоге поэма приобретает энциклопедический характер, что может приводить к мысли о неумеренном включении авторами в ее состав разнообразных произвольно отобранных знаний. Тем не менее, внимательное рассмотрение произведения позволяет прийти к выводу о том, что каждый из эпизодов все же имеет если не прямое, то косвенное отношение к сюжету, выступая в качестве иллюстрации, разъяснения и т. п. Некоторые исследователи, к примеру — В. Пизани, отмечают, что вспомогательные эпизоды играют связующую роль в композиции поэмы, заполняя временные лакуны в основном повествовании.