После успешной операции в Макао и на острове в Южно-Китайском море Сильву удаётся задержать и доставить в Лондон. В ходе задержания Сильва намекает Бонду о том, что М не бережёт своих агентов и его самого подставили ради выполнения важной операции, а себя и Бонда сравнивает с крысобоями. На допросе Сильва рассказывает, что когда его оставили, у него в зубе была капсула с цианидом. Он пытался покончить с собой, прокусив её, но вместо смерти цианид спровоцировал остеомиелит верхней челюсти и левой скуловой кости, в результате чего он вынужден носить вставную челюсть с металлической скулой на ней. Вскоре преступнику удаётся бежать прямо из штаб-квартиры MI6 и уйти по подземным ходам и линиям метро под городом. Преследуя его, Бонд понимает — Сильва постоянно опережает его, благодаря тому, что контролирует компьютерную сеть британской разведки. Всё, вплоть до пленения, это элементы плана. Сильва пытается осуществить покушение на жизнь М, в момент, когда она даёт показания парламентскому комитету, завершающиеся крылатой фразой лорда Теннисона: «Бороться и искать, найти и не сдаваться». Бонд в перестрелке спасает жизнь своего начальника и увозит М в родовое поместье Бондов в Шотландии — особняк Скайфолл. Сильве намеренно оставляют след в компьютерной сети MI6 — где можно искать его жертву. В поместье Бондов Джеймс встречает лесничего Кинкейда (Альберт Финни), давнего друга своих родителей. Вместе с ним Бонд и М готовятся дать отпор банде Сильвы. Несмотря на нехватку оружия и взрывчатых веществ, в ходе боя им удаётся успешно противостоять бандитам Сильвы. В перестрелке М получает ранение. Затем около поместья появляется сам Рауль с подкреплением прибывшим на вертолёте. М и Кинкейд покидают особняк через старый подземный ход. Бонд взрывает особняк, успев покинуть его через подземный ход. В результате этого практически вся группировка Сильвы убита, а вертолёт уничтожен. Раненый и обессиленный, антигерой догоняет М, собираясь её убить. В последний момент появляется Бонд и убивает Сильву, метнув нож ему в спину. Через несколько минут М умирает у него на руках от полученных ранений.

Манипенни решает не возвращаться агентом «на земле» и переходит на офисную работу. Новым начальником MI6 назначен Гаррет Мэллори. Бонд получает новое задание под грифом «Top Secret». В конце фильма мы видим интерьер кабинета М, который существовал в фильмах про Бонда с 1962 по 1989 год.

Работа над картиной

Режиссёром следующего фильма-франшизы, сразу после «Кванта милосердия», был назначен Сэм Мендес, но начала производства пришлось ждать до 2010 года. Очередной проект бондианы оставался продолжительное время под вопросом из-за сложной финансовой ситуации вокруг MGM, которая в 2010 году объявила о предстоящем банкротстве. Продюсеры запланировали, что премьера 23 эпизода бондианы будет приурочена к 50-летнему юбилею выхода в свет первого фильма серии. Бюджет картины составил около $150 млн, из них около $45 млн предоставлено спонсорами за возможность размещения продакт-плейсмент рекламы.

Идею сценария разработал Питер Морган. Затем основываясь на ней сценарий начали писать Нил Первис и Роберт Уэйд, которые работали над предыдущими фильмами серии с 1999 года. Продюсеры и режиссёр проекта остались не удовлетворены результатом и решили поручить окончательную доработку Джону Логану. Дэниел Крэйг планировал, что его третий фильм в серии будет обычной бондианой, так как считал, что предыдущая серия была не очень тепло принята публикой. Причиной тому стал отказ продюсеров от большинства «фишек» агента 007: к примеру, потребительского отношения к женщинам, коктейля водка-мартини, фразы «Бонд. Джеймс Бонд». В октябре 2011 года в печать проникли материалы о предполагаемом будущем названии картины, которое будет содержать слово Skyfall. В ноябре 2011 года создатели фильма на пресс-конференции впервые огласили некоторые детали будущей картины и членов её команды.