Троих заключённых отправляют в шахту, где на них нападает Чужой. В живых остаётся психопат Голик. Тем временем Рипли включает Бишопа и просит его прочесть запись. Из них она узнаёт, что Чужой был не только на Сулако, но и в шлюпке попал на планету. Рипли по просьбе самого Бишопа отключает его навсегда. Голика связывают и кладут в лазарет, пытаясь выяснить обстоятельства смерти остальных двух заключённых. Рипли подслушивает разговор. Она решает поговорить с надзирателем о монстре, но тот не верит её рассказу и приказывает посадить её под карантин. В разговоре Рипли узнаёт, что в тюрьме совершенно нет никакого оружия. В лазарете Клеменс рассказывает причину своего заключения. Сразу после этого в медпункт проникает Чужой и убивает медика. После этого он подходит вплотную к Рипли, но по неизвестной причине не причиняет ей никакого вреда и уходит. Голик также остаётся в живых.

Рипли пытается предупредить остальных, находящихся в столовой. Однако Чужой добирается туда одновременно с ней и убивает надзирателя у всех на глазах. Заключённые решают организоваться и уничтожить монстра. В тюрьме находится бункер для хранения ядерных отходов, никогда не использовавшийся по назначению. С толстыми стенами и всего одним входом, он является идеальной ловушкой для Чужого. У выживших появляется идея разлить горючую смесь по коридорам тюрьмы и поджечь её, с помощью чего вытравить Чужого из вентиляции и загнать его в бункер.

В процессе подготовки на одного из заключённых нападает Чужой, тот роняет запал, и происходит взрыв, из-за которого несколько заключённых погибают.

В прокатной версии план загона Чужого в бункер проваливается.

В режиссёрской версии искусственный пожар приводит к тому, что ксеноморф оказывается рядом с бункером, и один из заключённых жертвует собой, заманивая монстра в ловушку. Однако заключённый Голик, будучи не в себе после встречи с Чужим, воображает, что монстр является его союзником, и даже восхищается им. Ему обманом удаётся освободиться из лазарета, затем он убивает охранника бункера, открывает его и входит внутрь, в надежде поговорить с Чужим. Монстр убивает Голика и покидает ловушку.

Далее повествование обеих версий идёт без противоречий в сюжете.

Рипли мучает недомогание, кроме того, она понимает, что Чужой неспроста не убил её в момент их встречи. Она возвращается к шлюпке, осуществляет сканирование своего организма и понимает, что внутри неё развивается матка Чужого. Она пытается проверить, как поведёт себя Чужой по отношению к ней при очередной встрече, и убеждается, что он не причинит ей вреда. Рипли просит Дилана убить её и её смертоносный плод. Тот отказывается: раз у Рипли есть своего рода «иммунитет» от нападения Чужого, его нужно использовать, чтобы убить монстра. Он требует, чтобы сначала Рипли помогла убить Чужого, а потом он займётся ей.

Рипли удаётся выйти на связь с Компанией - оказывается, её представители уже на подлёте и скоро приземлятся. Однако она понимает, что те придут только для того, чтобы завладеть Чужим и его маткой, и убивать они его не станут. Рипли решает избавиться от монстра до их прилёта. Заключённые соглашаются помочь в этом, и только бывший помощник коменданта Эрон отказывается, полагая, что космолёт Компании в действительности летит для уничтожения Чужого.

Поскольку тюрьма является бывшим литейным заводом, в распоряжении заключённых находится старая печь. В ходе споров принимается решение попытаться загнать Чужого в литьевую форму, после чего пустить в неё расплавленный свинец. В качестве приманки соглашаются выступить сами заключённые, а Дилан и Рипли начинают координировать их действия, чтобы постепенно перекрыть монстру все пути к отступлению.