Опасаясь, что Альбус Дамблдор распространяет слухи о возвращении Волан-де-Морта, стремясь подорвать авторитет министра магии Корнелиуса Фаджа и в дальнейшем занять его место, Корнелиус назначает нового профессора защиты от тёмных искусств Долорес Амбридж, которая помимо этого ещё должна пристально следить за персоналом и студентами Хогвартса. Амбридж тщательно инспектирует учителей и едва не выгоняет из Хогвартса преподавателя по прорицанию профессора Трелони.

Одобренный министерством курс лекций по защитной магии профессора Долорес Амбридж оказывается на практике абсолютно бесполезным — юные волшебники просто неспособны противостоять действию тёмных сил, угрожающих им и всему волшебному сообществу. И тогда Гарри по настоянию своих друзей Гермионы и Рона берёт инициативу в свои руки.

Гарри регулярно и тайно встречается с небольшой группой студентов, называющей себя Отрядом Дамблдора. Отряд базируется в Выручай-комнате, которая открывается в случае крайней необходимости. Гарри обучает всех тем заклинаниям, которые знает сам. Но Амбридж подозревает о заговоре, допрашивает учеников и создает Инспекционную Дружину, куда входят Малфой, Крэбб, Гойл и Филч, чтобы выследить членов Отряда. Один раз они почти ловят Полумну, но терпят фиаско.

Однажды ночью Гарри во сне видит, как кто-то нападает на мистера Уизли. Дамблдор понимает серьезность положения и поручает профессору Снеггу проводить с Гарри занятия по окклюменции — защите своего разума от чужого проникновения, так как Волан-де-Морт может в любой момент воспользоваться этой связью. Первые занятия Гарри проводит неудачно. А тем временем, из Азкабана совершается массовый побег. Министерство переводит вину на Сириуса Блэка.

После рождественских каникул некоторые ученики перестают верить министерству и встают на сторону Гарри, кроме того появляется Хагрид и говорит, что Дамблдор отправлял его на переговоры к великанам. Параллельно с этим, Гарри продолжает обучать Отряд Дамблдора. Когда студенты разучивают заклинание Патронуса, стена комнаты рушится, и появляется Амбридж с Инспекционной дружиной и Чжоу Чанг. Затем Дамблдор берет на себя ответственность за создание Отряда, за что Фадж собирается заключить его в Азкабан. Но профессор успевает трансгрессировать. После Амбридж назначается директором школы и берет Хогвартс под свой полный контроль. Но во время сдачи СОВ Фред и Джордж Уизли поднимают мятеж; они громят класс и вылетают на метлах на улицу, где устраивают фейерверк.

Когда Гарри выходит на улицу, ему видится, как Темный Лорд пытает Сириуса и требует, чтобы он отдал ему «его». Гарри вместе с Роном и Гермионой решают отправиться в Министерство Магии с помощью Летучего Пороха через камин Амбридж (все другие камины держатся под наблюдением), но директор и Малфой хватают их, Джинни, Невилла и Полумну. Долорес собирается применить Сыворотку Правды (выясняется, каким образом она узнала про Выручай-комнату), но потом решается на Непростительное заклятие Круциатус (одно его применение стоит пожизненного заключения в Азкабан). Гермиона спасает Гарри, уговаривая показать секретное оружие Дамблдора. Заманив Амбридж в лес, Гарри и Гермиона сдают её кентаврам. На обратном пути они встречают Рона, Джинни, Невилла и Полумну, сбежавших от Малфоя и остальных. На фестралах они добираются до Министерства.

Добравшись до Зала Пророчеств, Гарри находит своё и слушает его. Затем он берет пророчество, и тут друзей окружают Пожиратели смерти, среди которых Люциус Малфой и Беллатриса Лейстредж, ответственная за пытки над родителями Невилла. Все понимают, что видение с Сириусом было ловушкой, но Отряд Дамблдора сумел прорваться через окружение и бежать, однако Пожиратели все равно хватают всех, кроме Гарри. Тому приходится отдать пророчество Малфою, после чего появляются Грюм, Сириус, Тонкс, Кингсли и Римус Люпин. Завязывается схватка, в процессе которой Беллатриса убивает Сириуса.