Героям удаётся найти незнакомый остров и причалить к нему. Этот же остров находят пираты, но обе группы поначалу не подозревают о присутствии друг друга. Шира, попав на остров, пытается убежать от главных героев, но её задерживает Диего. После этого главные герои узнают, что пираты находятся на острове и строят новый корабль. Друзья решают захватить корабль, используя для этого помощь маленьких даманов — жителей острова, чьих сородичей поработил злобный Гатт. Шира вырывается из плена и, добравшись до пиратов, предупреждает их о присутствии на острове бывших пленников. Главным героям удаётся отвлечь пиратов и попасть на пустой корабль. В последние моменты Шира, в душу которой Диего заронил сомнение в необходимости хранить верность шайке пиратов, переходит на сторону главных героев и успешно препятствует капитану Гатту, который пытается попасть на уплывающий с ними корабль. При этом Шира не успевает попасть на сам корабль и остаётся с пиратами. В злости Гатт откалывает большую льдину, которая становится новым кораблём пиратов.

Диего, плывущий на корабле, осознаёт, что влюбился в Ширу. Герои с трудом спасаются от сирен — существ, приманивающих путников посредством изображения особей противоположного пола для каждого из них. Тем временем животные, оставшиеся на континенте и добравшиеся до земляного моста, видят, что мост разрушен, и разрушения продолжаются, грозя достичь путников.

Мэнни, Сиду, Диего и бабуле на корабле также удаётся достичь континента. Там они обнаруживают Персик и Элли, взятых в плен пиратами. Мэнни хочет, чтобы капитан Гатт освободил мамонтов, взяв взамен его. Однако Гатт не отпускает их даже после того, как мамонт переходит на пиратскую льдину. Капитана Гатта задерживает крот Луис, ведомый целью спасти мамонтиху Персик. После этого начинается битва между пиратами и главными героями, в которой значительную роль играет Детка — кит, ранее подкармливаемый бабулей и казавшийся другим героям плодом её воображения. В последний момент Персик, спасая свою мать Элли, скидывает Гатта с рушащейся льдины в океан.

Разлучённые друзья рады вновь встретиться. Мэнни наконец осознаёт, что его дочь выросла, и разрешает ей гулять допоздна с Луисом и Итаном, которые мирятся между собой. Капитан Гатт становится пищей сирен. Диего и Шира становятся парой, а Сид находит бабуле вставную челюсть.

Крысобел Скрат также является героем мультфильма. Он и его жёлудь, долетевшие до ядра Земли, становятся причиной дрейфа континентов. Вернувшись на поверхность, Скрат оказывается на маленькой льдине. Увидев на горизонте островок, крысобел добирается до него, после чего видит на дне океана жёлудь. Добравшись до жёлудя, Скрат обнаруживает на обратной стороне карту, ведущую к изобилию желудей, что заинтересовывает героя. К концу фильма Скрат добирается до Скратлантиды, которая на самом деле изобилует желудями и другими крысобелами, намного более разумными - занятыми наукой и искусством. Скрат не может побороть искушение и сдвигает с места самый большой жёлудь. Группа островов уходит под воду, а Скрат оказывается посреди сухой пустынной местности ни с чем. Его воплем заканчивается фильм.

Съёмочная группа

• Режиссёры — Стив Мартино, Марк Трумейер
• Продюсеры — Лори Форте, Джон С. Донкин
• Сценаристы — Майкл Берг, Джейсон Фучс, Майк Рейсс
• Оператор — Ренато Фалькао
• Композитор — Джон Пауэлл
• Художник — Нэш Данниган
• Монтаж — Джеймс Палумбо, Дэвид Йен Сэлтер